植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析-中国农学通报.PDF

中国农学通报 2012,28(24): 194-200 Chinese Agricultural Science Bulletin 植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析 1 1 1 1 2 1 1 冯 潜 ，弄庆媛 ，麦秀英 ，周 虹 ，陈劲松 ，周嘉裕 ，廖 海 1 2 （西南交通大学生命科学与工程学院，成都610031；中国科学院成都生物研究所，成都610041） 摘 要：为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理，运用NCBI 、Expasy、Psort 、NetPhosK 、TMHMM、NPSA 网 站和MEGA5、DNAman 软件，对已在GenBank 数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜 等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明：植物胆碱单氧化酶中Ala 、Ser、Leu 等氨基酸含量较丰富，属于稳定蛋白；不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性 (81.52%) ，均含有转运肽区、2Fe-S 中心区和非血红素Fe 离子结合区；分子进化树揭示胆碱单氧化酶有 较强的保守性，可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据；分子中不存在跨膜结构域，与疏水区 域预测结果一致；可能受蛋白激酶C 磷酸化，位点为Ser326 ；无规卷曲是多肽链中大量的结构元件；包含 2 个功能结构域，分属于Rieske 家族与SRPBCC 家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及 甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。 关键词：生物信息学；胆碱单氧化酶；GenBank ；抗逆 中图分类号：Q71 ，Q949.93 文献标志码：A 论文编号：2011-3061 Bioinformatics Analysis of Choline Monooxygenase in Plants 1 1 1 1 2 1 1 FengQian,NongQingyuan,MaiXiuying,ZhouHong,ChenJinsong,ZhouJiayu,LiaoHai 1 (CollegeofLifeScienceandEngineering,SouthwestJiaotongUniversity,Chengdu610031; 2ChengduInstituteofBiology,ChineseAcademyofSciences,Chengdu610041) Abstract: Inordertostudytheresistantmechanismofcholinemonooxygenase(CMO),bioinformaticsanalysis of CMOfromGenBank,including Beta vulgaris, Spinacia oleracea, Atriplex prostrate, Atriplex hortensis, Amaranthus tricolor, etc. were employed by NCBI, Expasy, Psort, NetPhosK, TMHMM, NPSA web and MEGA5,DNAmansoftware.Theresultswerelistedasfollows.CMO,whichhadabundantAla,SerandLeu, belongedtoatypeofstableprotein.TheaminoacidsequenceofCMOindifferentplantsshowedanidentityof