ZYM+20111224-分子动力学.pptVIP

非周期性边界条件 分子动力学----边界条件 非周期性边界条件 当采用非周期性边界条件考虑溶剂效应时，可以在研究的重要部位加入非周期的水分子环境，比如球形水环境以及层状水环境。 在实际的分子力学或分子动力学模拟中，为了加快计算的速度，可以把体系划分为柔性区、约束区和完全刚性区。 可以在活性位点的重心为中心分别定义半径为R1和R2的两个球形范围。在模拟中，半径为R1的球体 内的受体、配体和水分子是完全柔性的； 而半径为R2的球体内的受体和水分子则 是加上谐振子回复力约束的；半径为R2 的球体完全是刚性的。 基于这样的策略，在有效考察体系 重要部位的同时可以大大减小计算的消耗。 摘自《计算机药物分子设计》许筱杰 分子动力学----系综 分子动力学----系综 平衡分子动力学模拟，总是在一定的系综下进行的。 微正则系综 正则系综 等温等压系综 等压等焓系综 平衡系综 研究扩散系数 研究相变 研究溶液特性 温度调控机制可以使系统的温度维持在给定值，也可以根据外界环境的温度使系统温度发生涨落。 一个合理的温控机制能够产生正确的统计系综，即调温后各粒子位形发生的概率可以满足统计力学法则。 系综的控温 系综的控温 分子动力学----系综 Berendsen温控机制(Berendsen外部热浴法) 系综的控温 分子动力学----系综 基本思想：假设系统和一个恒温的外部热浴耦合在一起，通过热浴吸收和释放能量来调节系统的温度，使之与恒温热浴保持一致。 摘自《计算化学—从理论到分子模拟》陈敏伯 摘自《计算化学—从理论到分子模拟》陈敏伯 系统常压条件 压力诱导下的相变 系统的压力可以通过改变体积来调节。 系综的控压 系综的控压 分子动力学----系综 Berendsen控压机制(Berendsen外部热浴法) 系综的控压 分子动力学----系综 摘自《计算机药物分子设计》许筱杰 分子动力学----计算结果分析 分子动力学----计算结果分析 运动轨迹分析 热力学特性计算 径向分布函数计算 与时间有关的物理量计算 自由能的计算 直接动画显示 随时间的变化曲线 统计分布曲线 分子动力学----计算结果分析 运动轨迹分析 运动轨迹分析 系统的温度 可以根据系统的平均动能得到系统的平均温度。 热力学特性计算 分子动力学----计算结果分析 热力学特性计算 动能 温度 系统的自由度 动能的统计涨落 系统动能的统计涨落(fluctuation)定义为： 通过统计涨落可以计算出系统的定容比热容（heat capacity at constant volume）Cv： 分子动力学----计算结果分析 热力学特性计算 原子总数 系统动能 玻尔兹曼常数 分子动力学----计算结果分析 径向分布函数计算 系统中参考分子周围r~r+dr范围内的分子数目为dN，则定义径向分布函数g(r)为： ρ为系统的密度 若系统的总分子数为N，可得： 所以径向分布函数可以解释为系统的区域密度和平均密度之比。 因为： 参考分子附近的区域密度不同于系统密度，但与参考分子距离远 时区域密度应与平均密度相同，即当r值大时径向分布函数的值应当接近于1. 径向分布函数计算 分子动力计算径向分布函数的方法为： 分子动力学----计算结果分析 径向分布函数计算 与时间有关的物理量计算 分子动力学----计算结果分析 与时间有关的物理量计算 分子动力计算除了计算系统的平均值以外，最重要的是计算系统的各种动态特性。 均方位移 分子动力计算当中，分子由起始位置不停的移动，每一瞬间的位置都不相同，如果以 表示时间t时粒子i的位置，则粒子位移平方的平均值称为均方位移（mean square displacement，MSD），即： 根据统计原理，只要分子数目足够多，计算的时间足够长，系统的任何一个瞬间都可以作为起点，计算的平均值相等，因此计算MSD时常采用多时间起点： 设一共运行n步，各步位移 ,将此轨迹分为相等数目的两部分: 计算MSD时每次均取n/2组数据的平均: 分子动力学----计算结果分析 与时间有关的物理量计算 * 分子动力学Molecular Dynamics 甄云梅内容 分子动力学 1.简介 2.牛顿运动方程的数值解法 3.积分步长的选取 4.简化单位 5.分子动力计算流程 6.边界条件 7.系综 分子动力学----简介 什么是分子动力学？ 分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿