dna碱基异构化及烷基化伤的理论分析.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 山东大学硕士学位论文 中文摘要 DNA分子结构的任何异常变化均称为DNA损伤，包括DNA双螺旋链的断裂与交联、 氨基的脱落、碱基的异构化与脱落、烷基化等等。为保证机体生理活动的正常进行、生 命过程的延续和遗传的稳定性，生物体内形成了一整套相当完善的修复系统，可使DNA 的损伤得到最大限度的修复。生物体内未被修复的DNA损伤是极少量的，但就是这些 极少量未被修复的DNA损伤却可能对机体产生非常重大的影响。未被修复的DNA损伤 在DNA下一个环节的复制中，双螺旋链核苷之间的结合就会发生错误并产生数量不足的 碱基对或者发生碱基错配，导致基因突变，造成遗传性疾病或物种的变异。另一方面， 基因突变对生物也不是完全有害的，一些对生物有利的突变可能被生物保留下来，最终 导致生物的进化。从这个意义上说，DNA损伤亦是生物进化的必要条件。DNA的人工 损伤(人工诱变)是治疗癌症及遗传性疾病的重要手段；随着基因工程的发展，DNA人 工诱变越来越多的被用来改良甚至创造物种。 本论文运用量子化学方法研究了嘧啶碱基和嘌呤碱基四种碱基的异构化过程和甲基 化碱基对的结构和性质，从微观角度研究了异构化机理和烷基化机理。通过对这些机理 的研究对DNA损伤过程有全面，深入的认识，从而可以为抑制不良损伤和利用、开发有 利损伤奠定基础并提供理论指导。这在化学以及生命科学领域均具有重大理论和实际意 义。 主要研究内容及结论归纳如下： 1．利用密度泛函方法，在B3n伊／6．311+G幸木基组水平上对所有的嘧啶异构体，过渡 态分别在气相和液相中进行几何结构全优化。DNA嘧啶碱基胞嘧啶和胸腺嘧啶的异构 化过程可分为原子间的质子转移和N．H键围绕C_N双键旋转两类。其中在原子间质子转 移过程中，形成关键部分为平面四元环的过渡态，该四元环与碱基骨架共平面。质子通 过四元环发生原子间转移。当考虑溶剂化效应时，所有的平衡态在液相中的能量小于在 气相中的能量。 但是所有过程的活化能却都增高。 说明溶剂化效应增加反应的势垒。 在气相和液相中质子转移过程的活化能大于N．H旋转过程的活化能。在研究温度范围内， 直接导致碱基损伤的异构化过程，即DNA嘧啶碱基正常构型的异构化过程均属于热力学 上的非自发过程；由于异构化过程仅仅涉及一个质子的键合情况的变化或位置的移动，  山东人学硕七学位论文 故其熵变均很小。若可以达到异构化平衡，胞嘧啶正常构型异构化平衡常数和异构化率 较大；而胸腺嘧啶正常构型发生异构化的平衡常数很小，异构化率也较小。两种异构化 过程的反应速率很低。 当考虑溶剂化效应时，液相中的异构化的速率会降低。 2．利用密度泛函方法在B3n俾／6．311+G木枣基组水平上对所有的嘌呤异构体，过渡态 分别在气相和液相中进行几何结构全优化。嘌呤碱基的异构化过程也可以分为原子间的 质子转移和N．H围绕C三N旋转两类。 其异构化过程ADEl一ADE2，GUAl一GUA2， GUA3一GUA5和GUA3一GUA7属于两个N原子间质子转移过程，GUAl一GUA3属 于N原子和O原子间的质子转移，所有质子转移过程的过渡态均包括一个新形成的平面 四元环，该四元环与嘌呤碱基骨架共平面。在所有N．H键围绕N=C双键的旋转过程的过 渡态中，平面CNH垂直于整个分子平面。质子转移过程与N．H旋转过程相比具有更高 的反应能垒，更小的反应常数和平衡常数。当考虑溶剂化效应时，所有的平衡态在液相 中的能量小于在气相中的能量，除了TS．G56和TS．G78在液相中活化能小于气相中的 活化能外，其它过程液相中的活化能大于气相中的活化能。热力学分析表明，四个碱基 的正常构型均是异构体中热力学最稳定的构型，直接导致嘌呤碱基正常构型变化的异构 化过程均属于热力学上的非自发过程；在研究温度范围内，根据平衡常数得到的最大异 构化率分别约为：腺嘌呤5×10一；鸟嘌呤10。3。可见，两个嘌呤碱基之间的平衡损伤比率 有很大差别。 由GuaIline引起的碱基异构化多于由AdeIline引起的异构化过程。 3．用密度泛函(DFT)理论方法在B3U伊／6．3l+G(d，p)基组水平上对G．C及A．T碱 基对甲基异构体进行结构优化和分裂能计算研究发现，从几何构型将甲基异构体分为两 类：一类是甲基加成到未参与氢键的原子上，N7．meG．C，N3．meG．C，N3．meA．T和 N7一meA．T依然保持碱基对的氢键形式和配对方式，在第一次复制过程中对碱基对损伤的 影响较小。 另一类为甲基加成到参与氢键形成的原子上。N1．meA-T，N3’．me T-A， 04’．me T-A，02 7．me T-A，N3’-meC．G和02 7．meC．G碱基对的氢键结合形式，配 对方式都发生了变化。 第一次复制过程中对