医学统计学杨超01简介02数据库检索.pptxVIP

2.3.1 NCBI的基因组数据库;人基因组一号染色体图谱;2.3.2 EBI的基因组浏览数据库;2.3.3 UCSC基因组浏览器;点击“Genomes”，进入“定位”检索方式。;点击“Blat”，进入“序列比对”检索方式。;点击“Tables”，进入“表单”检索方式。;“表单”检索的参数选择： clade —— 进化分支； genome —— 物种； assembly —— 版本； group —— 数据组织类型，默认为“genes and gene prediction tracks”； track —— 数据检索方式，默认为“USCS tracks”； table —— 输出数据表，默认为“knownGene”； output format —— 数据输出格式； output file —— 输出文件名。 点击“get output”下载基因组数据。;2.4 蛋白质序列数据库;2.4.1 NCBI蛋白质序列数据库; 牛牛文库文档分享; 牛牛文库文档分享;2.4.2 UniProtKB蛋白质序列数据库;UniProtKB蛋白质序列数据库格式文件所包含的内容有：;;第一部分——功能;第二部分——名称和分类;第三部分——亚细胞定位;第四部分——病理和生物技术;第五部分——翻译后加工修饰;第六部分——表达;第七部分——相互作用;第八部分——结构;第九部分——家族和结构域;第十部分——序列;第十一部分——交叉参考;第十二部分——发表论文;第十三部分——注册信息;第十四部分——杂项;2.5 结构数据库;2.5.1 蛋白质结构数据库;2.5.2 三维结构显示软件;为了帮助用户从浩如烟海的生物实验数据中获取有用的数据资料，并对数据进行科学的分析和处理，各生物信息数据库系统均开发了一系列的实用工具软件，主要的有： GQurey —— NCBI数据库检索工具软件； SRS —— EBI的数据库检索工具软件； UniProt —— 蛋白质序列检索工具软件。;2.6.1 GQurey检索工具：; 牛牛文库文档分享;目前，GQurey链接的数据库主要有： PubMed：生物医学文献数据库； Nucleotide（GenBank）：核苷酸序列数据库； Protein：蛋白质序列数据库； Structure：生物大分子三维结构； Genome：基因组数据库； PopSet：种群研究数据资料；;OMIM：在线人类孟德尔遗传学； Taxonomy：基因数据库中的生物分类学； UniGene：基因表达和微阵列数据库； UniSTS：遗传标志和作图数据库。 ;在浏览器地址栏输入 /nuccore/;;序列检索系统（Sequence Retrieval System，SRS）是由Biowisdom公司开发的生物信息数据库资料检索工具软件。但该检索系统现已停止服务。 用户可通过EMBL-EBI提供的链接进行检索。;网址： http://www.ebi.ac.uk/services;2.6.3 BioMart检索工具;/biomart/martview/;选择数据库（database）：;选择数据集（dataset）：;设置“过滤器（filters）”：;设置“属性（attributes）”：;2.6.4 UniProt检索工具：;;课外练习