基于rad简化基因组测序技术的13种中国地方优良鸡品种snps多态性图谱构建及群体遗传学分析-畜牧学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 上海交通大学硕士学位论文 上海交通大学硕士学位论文 基于 RAD 简化基因组测序技术的 13 种中国地方优良鸡品种 SNPs 多态性图谱构建及群体遗传学分析 摘 要 SNPs 遗传分子标记的开发和应用是数量性状和群体遗传学研 究聚焦的关键点。RAD 简化基因组测序技术是近年来基于限制性酶 切的简化基因组高通量测序技术进行 SNP 开发最为有效、经济的方 法之一。然而，迄今为止在家禽方面，尚未有关 RAD 简化基因组 高通量测序相关研究报道。因此，有必要将这种 SNPs 遗传分子标 记开发新技术引入到家禽行业，为家禽群体遗传学研究和遗传分子 标记开发提供新的方法和手段。 实验以 13 种中国地方鸡品种为主要研究对象，以及 3 种引进鸡品 种为主要参照群体，共 72 个样品，利用 RAD 简化基因组测序技术对 其进行高通量测序。经高通量测序平台 Hiseq2000 测序共产生 620 million 有效 Reads，平均每个个体检测到 75,587 个 SNPs，群体内共 有 474,933 个 SNPs，对其过滤后 28,896SNPs 得到确认，并且有 15,404 个 SNPs 新发现的 SNPs，约占 53.3%；实验获得了这些群体的 SNPs 多 态性遗传图谱，各群体 SNPs 数量从从 30,763 到 181,507 不等，平均 群体 SNPs 数量为 101,108；。群体遗传学分析发现，13 种中国地方鸡 品种比 3 种引进鸡品种杂合度高，说明中国地方鸡群体的遗传多态性 较高，还存在很大的选育潜力和空间。另外，通过群体 Pairwise Fst 分 析、群体聚类分析和系统进化树分析发现中国地方鸡品种与引进鸡品 I 种差异较大，具有独特的遗传多样性，需要得到更多的关注。 通过本实验得出如下结论：一是 RAD 简化基因组测序技术在鸡以 及畜禽上应用是可行的。二是可进行鸡品种多态性图谱构建和群体遗 传学研究，对畜禽遗传育种工作有指导性意义。三是 RAD 简化基因组 测序技术成功实施为畜禽获取高通量 SNPs 和全基因组关联分析 (Genome-Wide Association Study, GWAS) 和 全 基 因 组 选 择 (Genome-Wide Selection, GWS)等群体遗传学研究和遗传标记提供新 的方法和手段。 关键词： 二代测序技术，RAD, 中国地方品种鸡, 单核苷酸多态性, 群 体遗传学分析 II SNP MAPPING AND POPULATION GENETIC ANALYSES FOR 13 CHINESE INDIGENOUS CHICKEN BREEDS USING RAD SEQUENCING ABSTRACT SNPs (Single nucleotide polymorphisms) genetic marker has been one of key tools for population genetics and quantitative genetics. Restriction-site-associated DNA sequencing (RAD-seq) is one of the most effective methods based on next-generation sequencing (NGS) technology with restriction digestion for SNP discovery. However，so far there isn’t report about poultry sequencing by RAD-seq. Therefore, it’s necessary to introduce RAD-seq into poultry industry, providing new method and tool for poultry population genetics research. In the study, a total of 72 individuals from 13 Chinese chicken indigenous populations and 3 introduced populations were sampled. we discovered SNPs and made population genetic analyses among Chinese indigenous chickens with restriction-site-associated DNA sequencing (RAD-seq). 620 million reads were obta