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密码子偏性的影响因素及研究意义 　　畜牧与饲料科学AnimalHusbandryandFeedScience2010，31（1）:118-119 　　密码子偏性的影响因素及研究意义 　　梁菲菲 　　（衡水学院生命科学学院，河北 　　衡水 　　053000） 　　摘要：密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象，由于这一现象和遗传信息载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联，所以具有很重要的意义。综述了密码子偏性的影响因素，并简要介绍了研究密码子偏性的重要意义。 　　关键词：密码子偏性；遗传密码子；影响因素中图分类号：Q753文献标识码：A 　　文章顺序编号：1672-5190（2010）01-0118-02 　　InfluencingFactorsofCodonBiasandItsResearchSignificance 　　LIANGFei-fei 　　（CollegeofLifeSciences,HengshuiUniversity,Hengshui053000,China） 　　Abstract：Codonbiasreferstothenonrandomusageofsynonymouscodonsforencodingaminoacidsinorganisms.Asitisrelatedtothecarriermolecularofgeneticinformation（DNA）andfunctionalmolecular（protein）oflife,thisphenomenonimplicatesimportant 　　biologicalsense.Inthepresentreview,wesummarizethefactorsimpactingthecodonbiasandbrieflyintroducethesignificanceofresearchoncodonbias. 　　Keywords：codonbias;geneticcodon;influencingfactors同义密码子编码同一个氨基酸，如果没有任何选择压力和突变基因的偏倚，那么每个核苷酸位点上的核苷酸突变都是随机的，同义密码子出现的概率也是一样的。但是实际上，编码同一个氨基酸的不同的同义密码子通常具有不同频率，某些密码子比起其他同义密码子来说具有更高的使用频率。这种同义密码子使用的差异广泛地存在于细菌、真菌、植物、动物以及人类中，从某个单一物种基因组中的基因到不同的物种基因组，都可以发现某种密码子偏好的趋势，称为其同义密码子使用模式。如大肠杆菌RNA聚合酶中，编码缬氨酸的4个密码子使用频率相似，但编码精氨酸的6个同义密码子中，精氨酸几乎全由CGU和CGC2个密码子编码，CGA、CGG、AGA和AGG差不多没有被使用［1］。一般说来，不同物种密码子使用模式不同，同一物种的基因可能采取相似的密码子选择策略［2］，类推开来，系统发育关系越近或是生存环境越相似的物种，其密码子使用模式有可能相似，这种密码子使用偏好性现象已经不能简单地用碱基组成随机突变来解释了。 　　性仅仅是反映了序列组成的特征，而与蛋白功能或表达水平无关［3］。 　　1.2弱的自然选择效应对于所有密码子家族来讲，即使 　　存在密码子偏好性，由于同义密码子并不改变最终的蛋白产物，所以对于那些频繁被使用的密码子的选择性被认为是很弱的［4］。但是这种弱的选择会体现在基因表达水平上，在高表达的基因中，密码子使用偏好性要强过一般表达的基因。 　　1.3tRNA丰度密码子在蛋白翻译过程中需要和携带对 　　应反密码子的tRNA相互识别作用，才能把游离的氨基酸残基转移到多肽链上，因此，这些对应的tRNA的丰度就决定了蛋白质合成的资源。在高表达的基因中，那些具有偏好性的密码子其对应的tRNA含量也较高，这些密码子被称为最优密码子，它们通过减少与对应的tRNA匹配时间而加快翻译速度。另外一个能加快翻译速度的因素在于，非最优密码子由于对应的tRNA含量相对较低，往往易形成错配，而加大了基因纠错的时间和能量成本。因而，密码子使用的偏性与细胞内tRNA的含量呈正相关［5］。 　　1同义密码子使用偏好性及其生物学基础 　　从原核生物到真核生物其基因组中同义密码子使用偏 　　1.4基因长度基因长度越长，能够容纳的密码子越多， 　　性的现象广泛存在，这一现象的产生与诸多因素有关。在没有其他压力的情况下，则同义密码子被选择的概率不会受样本容量限制而出现统计上的误差；相反，基因长度越短，可以编码的密码子数量和种类越少，甚至有的密码子根本不会出现，这种使用偏好性和其他进化压力无关。有研究报道，大肠杆菌的密码子偏性和基因的长度成正比，而果蝇和酵母菌则相反［6］。翻译选择可以解释上面的2种结果：大肠