第3章多序列比对.pptVIP

第三章 多序列比对 Multiple Sequence Alignment 多序列比对 四个要素： 1.）选择序列 2.）选择算法和软件 3.）群定参数 4.）揭示对比结果 找出相似部分；确定序列中替换、插入和删除部分 多序列比对的应用 1.）获得共性序列（consensus sequence） 2.）序列测序矫正和测序序列拼接 局部比对（local） TTATGTTTCAG AATGCCCAG AATTGCCAGCCGTTATGTTTCAG 3.）突变分析 多序列比对种类 1.）全局比对（Global） a）插入字符使比对序列同长 b）适用于序列高度相似、长度相当 c）基本动态规划法-Needleman-Wunsch 2.）局部比对（local） a）重在考虑比对片段的保守性 b）基本动态规划法-Smith-Waterman 多序列比对种类 1.）全局比对（Global） AAT_ GCCCAG_ _ _TTATGT_ _CAG AATTGCC_ AGCCGTTAT_ TTTCAG 2.）局部比对（local） TTATGTTTCAG AATGCCCAG AATTGCCAGCCGT