蛋白质组与蛋白质组学.ppt

蛋白质组与蛋白质组学 第一节 蛋白质组学研究特点 Initial goal was to rapidly identify all the proteins expressed by a cell or tissue – a goal that has yet to be achieved for any species! 第二节 蛋白质组学研究范畴 蛋白质组概念： 第二节 蛋白质组学研究范畴 蛋白质和蛋白质间 蛋白质和核酸之间 蛋白质及其组成质点的分离、分析、鉴定 蛋白质结构分析 生理、病理或不同发育状态下蛋白质组表达差异 蛋白质信息库 一、蛋白质-蛋白质 1 蛋白质亚基聚合：构像改变；四级结构 2 交叉聚合：同工酶（LDH） 3 分子识别：（如抗原-抗体） 生物大分子间特异性、专一性的识别和结合 构像互补或构像变化 化学基团相互间足够的结合力 4 分子自我装配：大分子的相互识别和结合 5 多酶复合体：多种酶相互结合形成一种新的结构。 蛋白质间的相互作用力 蛋白质内部：肽键 蛋白质间：非共价键 氢键 范德华力 疏水键 离子键 蛋白质相互作用研究方法 酵母双杂交系统： 灵敏度较高的蛋白质间相互作用的方法。 酵母杂交系统包括：转录调控区 报告基因 一对反式作用因子 杂交反式作用因子 N端：报告基因转录因子特异DNA结合区；C端：调控目的基因转录的反式作用因子proteinX N端：报告基因转录因子转录活化区； C端：调控目的基因转录的反式作用因子proteinY protein X+protein Y 报告基因转录 噬菌体展示： 研究基因工程蛋白质间相互作用的方法。 抗体基因文库和随机多肽构建，用于筛选基因工程抗体和多肽药物。 也可以使用于体内蛋白质的相互作用的研究。 3 生物传感芯片质谱 定性和定量检测蛋白质间相互作用的方法。 芯片（葡聚糖聚合物作支持物）使用蛋白质（肽），使蛋白质或肽流过固相支持物，从而将发生相互作用的蛋白质滞留在聚合物上。蛋白质量的增加引起共振角改变。蛋白质量与共振角呈线性关系。 该法快速、灵敏、特异 4 蛋白质工程中的定点诱变技术 通过蛋白质定点突变，改变特异功能域，研究蛋白质的哪些结构对功能产生影响。从而发现与疾病相关的蛋白质。 比较基因组学 蛋白质-核酸相互作用 1凝胶滞后实验 用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测蛋白质-核酸结合的简单、灵敏方法。 可以检测到微量序列特异性DNA结合蛋白，同时可以鉴定这种结合是否是特异性结合。 原理：蛋白质可以与末端标记的核酸探针特异性结合，电泳时这种复合物比无蛋白的核酸探针泳动速度慢，即相对滞后。 即可检测DNA结合蛋白，也可检测RNA结合蛋白。 2 滤膜结合法 硝酸纤维素滤膜不能结合双链DNA，但可以结合蛋白质，可以将与蛋白质结合的DNA片段与游离DNA片段分离开来的方法。 3 甲基化干扰实验 用来检测蛋白质的结合位点。 原理：甲基化修饰的DNA探针可以干扰蛋白质的结合。 结合位点上未被修饰的DNA片段才能与蛋白结合，然后将DNA从被修饰的碱基处切割，电泳分离，结合蛋白的DNA在结合位点上不能被修饰，不能切断，可确定结合位点的位置。 4 Dnase I 足纹分析 蛋白质精确结合位点的研究方法。 原理： Dnase I 可以切割DNA中磷酸二酯键，而结合蛋白质的DNA不能被切割。 方法：选择性末端标记DNA片段，加入蛋白质形成复合物，后加入Dnase I ，形成1个碱基的梯度，而蛋白质结合部位，留下空白。 5 随机PCR 随机PCR可以模拟体内DNA-蛋白质相互作用机制。动态地观察DNA-蛋白质的结合情况。 6 核酸-蛋白质杂交 southwestern杂交： 鉴定蛋白质与DNA特异性结合 确定结合蛋白质的分子量 protein SDS醋酸纤维薄膜 蛋白质处理，同位素标记 protein-DNA 放射自显影 蛋白质组及其质点的分离与分析 MS –MALDI and ESI Affinity approaches a