第05章 蛋白质的三维结构..pptVIP

核糖核酸酶A的变性和复性实验证明，二硫键是在蛋白质折叠成它的天然结构后形成的，这就是说，二硫键的形成不是任意的，只有那些因肽链折叠而处在特定部位的半胱氨酸的侧链巯基才能形成有效的二硫键。在体内，虽然二硫键能自发形成，但蛋白质二硫键异构酶能通过交换反应催化二硫键的正确形成。 变性因素被出去后，变性蛋白质又可重新回到天然构象，这一现象称为蛋白质的复性。是否所有的蛋白质变性都是可逆的，这一问题至今仍有疑问。至少实践中未能使所有蛋白质在变性后都重新恢复活力，然而多数人都接受变性是可逆的概念，认为天然构象是处于能量最低的状态，有些蛋白质变性后之所以不能逆转，主要是所需要的条件复杂，不易满足。 前一章我们介绍了蛋白质的氨基酸组成及一级结构和一级结构测定，蛋白质的 一级结构即氨基酸顺序是由编码蛋白质的基因的核苷酸顺序决定的，但具有生物活性的蛋白质具有更高的水平结构组织形式。本章研究蛋白质的高级组织形式。 目前还没有一种工具能够用来直接观察蛋白质分子的原子和基团的排列，至今研究蛋白质的三维结果所取得的成就主要是应用间接的X射线衍射发取得的。这一技术开始于20世纪30年代末，之后一直是测定蛋白质晶体结构的主要方法。X射线衍射技术与光学显微镜技术的基本原来相似。 肽键看似单键，但 C-N 键旁的 C=O 双键会与它产生共振，因此具有双键的性质；且中心的 C 与 N 原子都是使用 sp2 轨道，因此其前后六个原子都躺在同一平面上，称为肽平面 (如上图虚线所围起)。注意每一个氨基酸的中心是 ? 碳，而两个 ? 碳之间是以肽平面连在一起，因此蛋白质可以说是由许多肽平面以 ? 碳为接点连成的。 肽键共振杂化意义：1）限制绕肽键的自由旋转，给肽主链的每一个氨基酸残基只保留两个自由度：绕氮-?碳键的旋转和绕?碳-碳键的旋转； 2）组成肽基的4个原子和2个相邻的?碳原子倾向于共平面，形成所谓的多肽主链的酰胺平面也称肽平面或肽基平面 3)碳氮键具有部分双键的性质，估计碳氮键具有约40%的双键的性质，碳氧键约有40%的单键性质，由于碳氮键具有部分双键的性质，绕键旋转的能障较高，，这一能障在室温下足以防止旋转保持酰胺基处于平面。 4）在杂化的中间态酰胺氮带0.28净正电荷，羰基氧带0.28净负电荷，这些部分电荷的存在表明肽键具有永久偶极。 由于酰胺氮上的孤电子对离域与羰基碳轨道重叠，因此在酰胺氮和羰基氧之间发生共振相互作用。共振产生两种极端形式：一种结构碳-氮键以单键形式存在，允许肽平面绕碳-氮键自由旋转，另一种结构碳-氮键以双键形式存在阻止肽平面绕碳-氮键的自由旋转。实际上肽键是介于这两种极端形式之间的平均中间肽，即肽键具有部分双键的性质。 肽主链的化学反应性较低，在pH0-14范围内，肽基没有明显的质子得失。在肽平面内，两个?碳可以处于顺式或反式构型。在反式构型中，两个?碳原子及其取代基团互相远离，而在顺式构型中它们彼此接近，引起?碳上的R基之间的空间位阻。反式构型比顺式构型稳定。因此肽链中的肽键都是反式构型。但脯氨酸肽键是个例外，它可以是反式也可以是顺式，脯氨酸的吡咯环引起的空间位阻消除了反式构型的优势。 肽主链由酰胺氮-?碳-羰基碳重复排列而成，肽键实际是一种酰胺键，肽链中的酰胺基称为肽基或肽单位。 由酰胺氮、?碳和羰基碳组成的主链上的氮-碳键（?）、碳（ ?）-碳和碳-氮键都是单键，理论上这些键都可绕主链进行任意旋转，但实际受到很大限制，只能采取少数空间构象。 肽键是一个共振杂化体，共振的后果是肽键具有部分双键的性质，不能绕键自由旋转，主链肽基称为刚性平面，称为酰胺平面，平面内碳氧双键和氮氢键成反式排列，各原子间有固定的键角和键长。肽链主链上只有?碳原子连接的两个键?碳氮键和?碳碳键是纯的单键，能自由旋转， ?碳是两个相邻酰胺平面的连接点，酰胺平面虽然是刚性的，但酰胺平面之间的外置可以任意取向。 绕?碳氮键轴旋转的二面角（C-N-C ?-C）称为Φ，绕C ?-C键轴旋转的二面角（N-C ?-C-N）称Ψ。原则上Φ和Ψ可取-180至180之间的任一值，但由于空间位阻的存在，实际上不是任意二面角所决定的肽链构象都是立体化学所允许的，肽链处于充分伸展构象是?和?均规定为180o。 ?和?均为0o的构象是不存在的。 因为两个相邻肽单位上的酰胺基H原子和羰基O原子的接触距离比其范德华半径之和小，因此将发生空间重叠。 二面角（?和?）所规定的构象是否存在，主要取决于两个相邻肽单位中非共价键合原子之间有无阻碍。 蛋白质的多肽链不是完成伸展的存在，而是折叠成有规律的二级结构。折叠的结果是疏水基团埋藏在蛋白质分子内部，亲水基团暴露在分子表面。常见的二级结构元件有?螺旋、β折叠片、β转角和无规则卷曲等。 构象研究表明，只有当那些非键合的原子之间保持适当的距离时，单键旋转所