Kruppel-likefactor9生物信息学分析.docVIP

Kruppel-like factor 9的生物信息学分析 2006级本硕四班 林珊娜 指导老师：吴炳礼，许丽艳，李恩民 Kruppel-like factor 9，简称KLF-9,又称为basic transcription element binding protein 1(BTEB1)；BTE-binding protein 或 GC box-binding protein 1. 最初，人们以大鼠细胞色素P-4501A1(CYP1A1)基因启动子，BTE 序列为探针,从大鼠肝脏cDNA文库中克隆了BTEB 基因[1]。随后, Ohe 等人用大鼠BTEB cDNA 扫描人胎盘文库从而得到了人KLF-9 基因。人KLF-9基因的染色体定位在chr9q13(图1），含有两个外显子和一个内含子（图2）。其CDS 编码区长735 bp, 编码244 个氨基酸残基组成的多肽链,在细胞中的定位是在核内，属于 HYPERLINK /uniprot/?query=family:%22Sp1+C2H2-type+zinc-finger+protein+family%22 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family成员，参与真核细胞基因转录调控。 图 图1为KLF-9的染色体定位 图2为KLF-9的基因结构图 图2为KLF-9的基因结构图 所谓的C2H2型锌指蛋白，是一种经典的锌指结构。它由1个α-螺旋和2个反平衡的β-折叠三个肽段组成，其N端有一组半胱氨酸残基，C端有一组组氨酸残基，四个残基在空间上形成一个洞穴，恰好容纳一个Zn＋，形似手指。锌离子能够稳固模体中的α-螺旋结构，使其能够镶嵌于DNA的大沟上[2](图3)。KLF-9含有三个锌指结构（图4），而且都属于C2H2型（143－167，173－197，203－225，图5涂红色部分）。 图3为C2H2锌指蛋白的三维结构图 图3为C2H2锌指蛋白的三维结构图 图4为KLF-9的三个锌指结构域 图4为KLF-9的三个锌指结构域 MSAAAYMDFVAAQCLVSISNRAAVPEHGVAPDAERLRLPEREVTKEHGDPGDTWKDYCTLVTIAKSLLDcchhhhhhhhhhhhhhhhcccccccccccccchhhcccccchhhhccccccccccchhehhhhhhhhhhLNKYRPIQTPSVCSDSLESPDEDMGSDSDVTTESGSSPSHSPEERQDPGSAPSPLSLLHPGVAAKGKHAhccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchhhccccccccccccSEKRHKCPYSGCGKVYGKSSHLKAHYRVHTGERPFPCTWPDCLKKFSRSDELTRHYRTHTGEKQFRCPLccccccccccccccecccccccccceeeecccccccccchhhhhcccccchhhhhhcccccccccccccCEKRFMRSDHLTKHARRHTEFHPSMIKRSKKALANAL Ccccccccchhhhhhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhcc 图5为KLF-9 图5为KLF-9蛋白的二级结构预测及其143-167，173-197，203-225三个锌指结构。 所谓O型糖基化修饰主要发生在高尔基体中，是指单糖构成的聚糖链连接到蛋白质分子中的丝氨酸、苏氨酸或在羟赖氨酸或羟脯氨酸的羟基上。通过 HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 对KLF-9的O型糖基化修饰进行预测发现:KLF-9的O型糖基化修饰位点有十处（95，97，100，101，103，105，106，108，110，119）如图6： 图6为预测的KLF-9的O型糖基化修饰位点 图6为预测的KLF-9的O型糖基化修饰位点 而N型糖基化修饰主要发生在内质网中,通过 HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ \t _parent http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ 对KLF-9的N型糖基化修饰发现：该基因没有 N型糖基化修饰位点（图7）。 图7为预测的KLF-9的N型糖基化修饰位点 图7为预测的KLF-9的N型糖基化修饰位点 通过在 HYPERLINK http://www.cbs.