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微孢子虫PolyA位点的预测
( )
第 卷第 期 西 南 大 学 学报 自然科学版 年 月
39 4 2017 4
( )
Vol.39 No.4 JournalofSouthwestUniversit NaturalScienceEdition A r. 2017
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DOI 10.13718 .cnki.xdzk.2017.04.021
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微孢子虫PolA位点的预测①
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孙 康 , 杨 明 , 马 立 , 李 田 , 赵玉芳
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1.西南大学 计算机与信息科学学院 重庆 400715
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2.西南大学 生物技术学院 家蚕基因组生物学国家重点实验室 重庆 400716
,
3.西南大学 教师教学发展中心 重庆 400715
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摘要 多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤 其位点的预测对基因组序列中编码基因的发
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掘具有重要的参考价值 本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象 根据该物种的基因表达偏好设
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计了一个算法 对其 位点进行预测分析 首先 采用 阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征
PolA . k
y
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然后用 降低特征空间的维数 得到的数据用机器学习方法进行分析 产生一个较好的分类结果 其中基于支
PCA .
持向量机的实验得到的敏感度( )和 分别达到了 和 ,这在微孢子虫的 位点预测上取
S ACC 87.33% 85.14% PolA
p y
,
得了较为理想的效果 并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.
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关 键 词 信号 微孢子虫 位置权重矩阵 机器学习
PolA
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