基因组移位排序算法的改进和评测-计算机软件与理论专业论文.docxVIP

山 东 大 学 硕 士 学位 论 文 况 下 运 算 时 间 仅 需 要 秒 比 对 比 程 序 快 约 倍 本 文 的 主 要 成 果 和 创 新 点 如 下 提 出 了准 最 小 子 排 列 的 概 念 及 其 特 殊 性 质 给 出 了 在 可 行 移 位 产 生 偶 隔 离 带 的情 况 下 找 到 一 个 有 效 移 位 的算 法 设 计 新 的 移 位 排 序 算 法 修 正 了 原 有 算 法 中存 在 的 错 误 提 出 了 复 杂 度 为 。 矛 的移 位 排 序 算 法 的 数 据 结 构 和 实 现 方 法 对 该 算 法 进 行 了 实 验 与 前 人 根 据 复 杂 度 为 口 矛 的算 法 实现 的 程 序 对 比 效 率 有 显 著 的 提 高 进 一 步 实 现 了 复 杂 度 为 口 矿 和 口 矛 的 两 个 算 法 对 三 个 算 法 的 实 验 结 果 进 行 了 比 较 和 分 析 本 文 的 实 验 结 果 和 数 据 对 分 子 生 物 学 中研 究 生 物 的进 化 过 程 具 有 十 分 重 要 的 意 义 关 键 词 计 算 生 物 学 基 因 组 重 组 移 位 山 东 大 学 硕 士 学 位 论 文 琦 ’ 知 流 勺 ” 而 腼 柳 叭 帅 止 认叭 小 勿 也 小 哪 ， ，哪 呷 ， — 山 东 大 学 硕 士 学 位 论 文 ， 认叭 川 川 而 认叭 ， 加 电 知 ， 山 东大 学 硕 士 学 位 论 文 第 章 绪 论 背 景 介 绍 随 着 生 物 技 术 尤 其 是 基 因 技 术 的 发 展 人 们 对 生 命 的 认 识 不 断 深 入 在 过 去 的几 年 里 科 学 家 们 完 成 了 克 隆 实 验 并 且 完 成 了 人 类 的 染 色 体 图 谱 计 划 科 学 家 们 通 过 实验 获 取 了 大 量 基 因 组 的 数 据 如 何 快 速 有 效 地 分 析 这 些 数 据 成 为 我 们 面 对 的 一 大 课 题 这 也 是 计 算 生 物 学 所 要 研 究 的 一 大 课 题 生 物 进 化 的 主 要 形 式 是 基 因 组 重 组 六 十 年 前 材 和 发 表 了 一 篇 重 要 论 文 提 出 对 果 蝇 的 对 基 因 组 进 行 重 组 的 思 想 证 明 了 两 种 不 同 物 种 和 的 染 色 体 基 因 序 列 可 以 通 过 基 因 组 的 次 反 转 进 行 相 互 转 换 之 后 的 研 究 证 明 基 因 组 重 组 是 微 生 物 植 物 动 物 进 化 的一 种 重 要 模 式 基 因 是 基 因 组 重 组 的 基 本 单 位 若 干 个 基 因 组 成 的 基 因 序 列 构 成 一 条 染 色 体 基 因 组 是 由 一 条 或 多 条 染 色 体 构 成 的 集 合 研 究 表 明 两 个 相 似 物 种 的 基 因 组 中所 包 含 的基 因 绝 大 部 分 都 是 相 同 的 其 中 一 部 分 基 因 可 能 在 染 色 体 中被 重 新 排 列 或 者 是 与 其 它 染 色 体 中 的基 因 交 换 位 置 从 而 使 这 两 个 基 因 组 中 的基 因 排 列 顺 序 不 同 这 就 导 致 了 分 子 进 化 中 的 基 因 组 重 组 虽 然 基 因 组 的 重 组 过 程 非 常 复 杂 但 根 据 基 因 重 新 排 列 的方 式最 终 可 归 结 为 几 种 基 本 操 作 其 中 变 异 过 程 中 的 主 要 重 组 操 作 为 移 位 反 转 和 转 位 印 移 位 操 作 多 发 生 于 多 染 色 体 基 因 组 的 重 组 过 程 中 通 过 移 位 操 作 基 因 组 中 的 两 条 染 色 体 各 自断 为 两 段 并 且 相 互 交 换 其 中 的 一 段 从 而 形 成 两 条 新 的 染 色 体 移 位 是 哺 乳 动 物 进 化 过 程 中最 为 常 见 的 基 因 组 重 组 操 作 之 一 有 些 物 种 的 基 因 组 结 构 比 较 简 单 它 们 只 包 含 单 条 染 色 体 如 叶 绿 体 线 粒 体 病 毒 细 菌 等 它 们 的 基 因 组 重 组 经 常 通 过 反 转 的 形 式 进 行 反 转 操 作 将 一 条 染 色 体 中一 段 连 续 的 基 因 序 列 倒 置 形 成 一 条 新 的 染 色 体 转 位 操 作 将 一 条 染 色 体 中两 段 连 续 的 基 因 序 列 相 互 交 换 位 置