利用伪氨基酸组分和支持向量机预测抗冻蛋白.PDFVIP

第 １１卷 第４期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１１Ｎｏ．４ ２０１３年１２月　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｄｅｃ．，２０１３ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１３．０４．１０ 利用伪氨基酸组分和支持向量机预测抗冻蛋白 许　 嘉 （内蒙古科技大学 分析测试中心，内蒙古 包头０１４０１０） 摘　 要：抗冻蛋白是一类具有提高生物抗冻能力的蛋白质。 抗冻蛋白能够特异性的与冰晶相结合，进而阻止体液内冰核的形 成与生长。 因此，对抗冻蛋白的生物信息学研究对生物工程发展，提高作物抗冻性有重要的推动作用。 本文采用由４００ 条抗 冻蛋白序列和４００条非抗冻蛋白序列构成数据集，以伪氨基酸组分为特征，利用支持向量机分类算法预测抗冻蛋白，对训练集 预测精度达到９１３％，对测试集预测精度达到７８８％。 该结果证明伪氨基酸组分能够很好的反映抗冻蛋白特性，并能够用于 预测抗冻蛋白。 关键词：抗冻蛋白；伪氨基酸组分；支持向量机 － － － － 中图分类号：Ｑ７５３　 　 文献标识码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１３） ０４ ２９７ ０３ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｐｓｅｕｄｏ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅ ＸＵＪｉａ （Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ Ｔｅｓｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，ＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｂａｏｔｏｕ０１４０１０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｐｒｏｔｅｉｎ （ＡＦＰ） ｉｓ ａ ｋｉｎｄ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｈａｔ ｃａｎ ｉｍｐｒｏｖｅ ｔｈｅ ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｏｒｇａｎｉｓｍｓ． Ｔｈｅｙ ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ ｂｉｎｄ ｔｏ ｉｃｅ ｃｒｙｓｔａｌｓ ｔｏ ｉｎｈｉｂｉｔ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｒｅｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｃｅ． Ｉｔ ｉｓ ｖｅｒｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｏｒ ｂｉｏｅｎｇｉ⁃ ｎｅｅｒｉｎｇ ａｎｄ ｆｏｒ ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｃｒｏｐ ｔｏ ａｃｃｕｒａｔｅｌｙ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ＡＦＰｓ．Ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｔ ｓｔｕｄｙ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ａ ｂｅｎｃｈｍａｒｋｄａｔａｓｅｔｉｎｃｌｕｄｉｎｇ４００ＡＦＰｓａｎｄ４００ｎｏｎ⁃ＡＦＰｓ．Ｂｙｕｓｉｎｇｐｓｅｕｄｏａｍｉｎｏａｃｉｄｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｓｐａｒａｍｅｔｅｒｓ， ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅ ｗａｓ ａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ ｐｅｒｆｏｒｍ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ． Ｗｅ ｆｉｎａｌｌｙ ａｃｈｉｅｖｅｄ ｏｖｅｒａｌｌ ａｃｃｕｒａｃｉｅｓ ｏｆ ９１３％ ａｎｄ ７８８％，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ ｆｏｒ ｔｒａｉｎｉｎｇ ｓｅｔ ａｎｄ ｔｅｓｔ ｓｅｔ．Ｔｈｅｓｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｕｇｇｅｓｔ ｔｈａｔ ｐｓｅｕｄｏ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｃａｎ ｄｅ⁃ ｓｃｒｉｂｅ ｔｈｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ＡＦＰｓ ａｎｄ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ＡＦＰｓ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｐｒｏｔｅｉｎ；Ｐｓｅｕｄｏ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ；Ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅ 　 　 抗冻蛋白（Ａｎｔｉｆｒｅｅｚｅ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＡＦＰ）是一类能够 会消耗很多资源。 随着大量生物基因组测序的完