陆地棉花发育est测序分析及其相关基因筛选与微卫星标记开发-作物遗传育种专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 陆地棉花发育EST 陆地棉花发育EST测序分析及其相关基因筛选与微卫星标记开发 摘要 陆地棉是世界上重要的经济作物之一，由于没有基因组数据，大量表达序列标 签数据已被获得并广泛应用到各个研究领域当中。然而，在陆地棉花发育过程中， EST的信息很少。为了给陆地棉花发育分子机理的研究提供序列基础，本文对以中 棉所36茎尖、蕾和花混合RNA为材料而构建的全长均一化eDNA文库进行了大规 模测序，获得了22915条ESTs，经过组装后获得4563条contigs和9810条singletons， 一共14373条unigenes。将这些获得的序列与公共数据库中已有的棉花EST序列进 行比较分析发现，约有5352条tmigenes为新的EST信息。对14373条unigenes进 行了全面的功能注释和功能分类，结果发现这些序列绝大部分与双子叶植物蓖麻 (26．4％)、葡萄(24．5％)和杨树(23．4％)中的蛋白比对上，而与棉花蛋白信息 注释上的仅有886(7．3％)。从这些序列的功能注释中，一共筛选到了34个与其他 植物中花发育相关基因的同源物，这些基因包括开花决定基因、花分生组织基因和 花器官发育基因。对其中部分基因进行了组织表达模式分析，发现绝大部分基因均 在花发育相关组织茎尖、蕾或花中高水平表达。为了更加全面地了解陆地棉花发育 的基因情况，我们以拟南芥173个花发育相关基因为参考，在陆地棉所有EST信息 中进行筛选，一共筛选到158个基因，并将其分为光周期途径、春化途径、自主途 径、赤霉素途径、花发育途径整合因子和花器官发育相关基因等类型。还克隆了一 系列花发育相关基因，与其他植物相关基因进行了多序列比对、进化树分析和组织 表达模式分析，结果发现：陆地棉花发育基因普遍与其他物种相关基因存在保守结 构域，并且同源性较高；在进化树中，大多数与杨树和拟南芥的相关基因聚为一类； 表达模式显示这些基因也都在花发育相关组织表达，部分基因还在纤维或是胚珠中 也高水平表达。另外，为了开发新的EST-SSR,我们对本文产生的EST信息进行了 SSR查找并与CMD中已有的标记进行了去重，从SSR位点的两侧有足够长度来设 计引物的645条tmigenes中开发了670对棉花新的EST—SSRs。25对引物被随机挑 选出来验证其正确性，结果发现有一对引物没有扩增出任何条带，一对引物没有扩 出与预期大小一致的条带，所以一共有23对引物成功扩出包含预期SSR位点的条 带。并且利用这23对引物在17个不同的棉花品种中进行扩增检测，结果显示这些 引物在棉属中具有较高的可转移性。所以，这些EST信息不仅可以用来点制芯片研 究基因表达谱、新基因查找及功能分析，而且也可以进行遗传图谱的构建和Q11L 定位等。 关键词：陆地棉；表达序列标签；花发育；表达模式；微卫星；可转移性 I 华中农业大学201 华中农业大学201 l届硕士研究生学位论文 Abstract Upland cotton,Gossypium hirsutum L．，is one of the world’S most important economic crops．In the absence of the entire genomic sequence，a large number of expressed sequence tag(EST)resources of upland cotton have been generated and used in several studies．However,rare information is available on the flower development of these species．To further clarify the upland cotton flower development molecular mechanism,a total of 229 1 5 high-quality ESTs were generated and assembled into 1 4373 unique sequences consisting of 4563 eontigs and 98 1 0 singletons from a normalized and full—length eDNA library that constructed from pooled RNA isolated from shoot apexes， squares，and flowers．Comparative analysis indicated tllat 5352 new unigenes were added in