构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系-中国科学杂志社.DOCVIP

等: 中国科学: 化学 2015年 第45卷 第9期 PAGE 950 PAGE 951 《中国科学》杂志社SCIENCE CHINA PRESS中国科学: 化学 2016年 第46卷 第1 《中国科学》杂志社SCIENCE CHINA PRESS 评 述SCIENTIA SINICA 评 述 引用格式: 刘志海, 李婕, 韩莉, 李嫣, 王任小. 构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系. 中国科学: 化学, 2015, 45: PAGE 949– = PAGE \* MERGEFORMAT 949 + NUMPAGES \* MERGEFORMAT 2 -1 950Liu Z H, Li J, Han L, Li Y, Wang R X. Development of a high-quality benchmark for scoring function assessment. Sci Sin Chem, 2015, doi: 10.1360/N032015-00115 ? 2016《中国科学》杂志社 中国科学院学部 科学与技术前沿论坛 理论与计算化学发展战略专题 构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系 刘志海, 李婕, 韩莉, 李嫣*, 王任小* 生命有机化学国家重点实验室; 生命的化学基础协同创新中心; 中国科学院上海有机化学研究所, 上海 200032 *通讯作者, E-mail: kathyli@; wangrx@ 收稿日期: 2015-07-06; 接受日期: 2015-08-03; 网络版发表日期: 2015-08-21 国家重点基础研究发展规划(编号: 2009CB724100)和国家自然科学基金资助项目(编号: 摘要 定量计算药物-靶标亲合性一直是分子靶向药物设计中的核心问题之一. 亲合性打分函数适用范围宽、计算速度快且精度良好, 特别适合与分子对接等方法联用, 在药物研发中得到了广泛的应用. 经过20多年的发展, 目前存在数量繁多的打分函数, 这些方法难免良莠不齐. 建立客观公正的针对打分函数性能的评价体系, 不仅可以帮助用户做出合理的选择, 也为发展打分函数的理论研究人员提供依据, 因此是打分函数研究领域中的一个基础问题. 近年来, 我们逐步发展了评价药物-靶标亲合性打分函数性能的方法体系(comparative assessment of scoring functions, CASF), 为解决该问题提供了一种可行的方案. 我们提出了一整套衡量打分函数性能的基本指标, 为每种指标设计了相应的定量方法, 并确立了将打分过程与构象采样过程分开处理的原则. 我们的方法体系中所使用的测试集, 源自对PDBbind-CN数据库中蛋白-配体复合物样本的层层筛选, 质量较高并且具备结构多样性的特点. 与前人的类似工作相比, 我们的方法体系具有较强的系统性和先进性, 受到了国内外同行的广泛认可和应用. 本文介绍了我们建立的CASF方法体系的设计思想、获得的重要研究成果以及学术影响. 关键词 macrobutton nomcro单击此处输入或粘贴关键词条 药物-靶标亲合性, 打分函数, 评价体系, CASF, PDBbind-CN, 分子靶向药物设计 刘志海等: 构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系 图1 中华人民共和国 表1 中华人民共和国 致谢 审稿专家提出修改意见和建议, “科学三号”上所有工作人员在取样过程中付出辛勤工作, 青岛海洋地质研究所胡邦琦博士提供了ZY-2孔粒度对比数据, 在此一并致谢. 参考文献 Development of a high-quality benchmark for scoring function assessment Zhihai Liu, Jie Li, Li Han, Yan Li*, Renxiao Wang* State Key Laboratory of Bioorganic and Natural Products Chemistry; Collaborative Innovation Center of Chemistry for Life Sciences; Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China *Corresponding authors (email: kathyli@; wangrx@) Abstract: Quantitative computation of drug-targe