荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究植物病理学专业论文.docxVIP

华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权二转学位论文 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权二转 学位论文 不 如需保密，解密时间 年 月 日 是否保密 自 独创性声明 一 本人声明所呈交的论文是我个人在导l坪指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任 何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。 研究生签名：苏方鹏 时间： 加f缉6月艿日 学位论文使用授权书 本人完全了解华中农盟大学关于保存、使用学位论文的规定，印学生必须按照学 校要求提交学位论文的印刷本和电子版本；学校有权保存提交论文的印刷版和电子版， 并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位 论文。本人廊意华中农业大学可以用不同方式在不问媒体上发表、传播学位论文的全 部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递和交换服务，同时 本人保留在其他媒体发表论文的权力。 注：保密学位论文(印涉及技术秘密、商业秘密或申请专利等潜在需要提交保密的论 文)在解密后适用于本授权书． 撇黼张苏方鹏撇名：防垒 签名日期：2。拍年舌月8日 签名疆期：山e薛6月旁疆 注：涛将本表直接装订在学位论文的靡页和目录之问 万方数据 荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究目 荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究 目 录 摘 要 ．．i Abstract． ． ． ． ．． ． ． ．． ． ． ． ．．． ． ．． ． ．． ． ． ． ．． iii 缩略词表 vi 第一章文献综述 1 第二章荸荠携带DNA病毒的鉴定及其分子特性分析 ．9 2．1．1采集荸荠样品信息 9 2．1．2主要试剂 9 2．1．3小RNA测序及其生物信息学分析 1 0 2．1．4 CTAB法提取荸荠基因组总DNA ．11 2．1．5 WCSV-1的PCR检测田问样品感染率 ．11 2．1．6 PCR及其产物回收、克隆和测序 一12 2．1．7 Southern Blot ． ． ． ． ．． ． ． ．． ．． ．． ． ． ． ． ．1：； 2．2结果与分析 ．15 2．2．1小RNA测序的cleanreads数据分析 15 2．2．2 WCSV-1全基因组序列扩增结果 16 2．2．3 WCSV-1基因组结构及其序列分析 18 2．2．4来源于病毒的sRNAs的分析 24 2．2．5荸荠样品潜带WCSV-1的检测 ．26 2．2．6 Southem Blot分析 29 2．3讨论 ．33 第三章荸荠携带两种RNA病毒的基因组克隆及分子特性分析 36 3．1材料与方法 ．36 3．1．1植物材料与主要试剂 ．36 3．1．2小RNA测序及生物信息学分析 36 3．1．3引物设计与合成 ．37 3．1．4荸荠样品总RNA的提取 37 3．1．5 cDNA的合成 37 万方数据 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文3．1．6 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文 3．1．6 RT-PCR．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38 3．1．7 RT-PCR产物回收、克隆及测序 ．40 3．1．8 WCV-1和WCV．2的检测引物 40 3．2结果与分析 ．40 3．2．1小RNA测序的数据分析 40 3．2．2荸荠WCV-1序列扩增及其分析 40 3．2．3荸荠WCV-2序列扩增及其分析 47 3．2．4田间荸荠样品潜带WCV-1和WCV-2的RT-PCR检测 ．．54 3．3讨论 ．56 第四章结论与展望 ．．58 参考文献 60 附录1常用试剂和培养基配方 69 附录2 pMDl 8一TpMDl9-T克隆载体图谱 一7l 附录3 WCSVl全基因组序列(7535 nt) 72 附录4研究生期间发表的研究论文和会议摘要 75 致谢 ．．76 II 万方数据 荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究摘 荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究 摘 要 荸荠是一种营养价值很高的水生蔬菜，广泛种植于世界各地，一经病毒感染会 严重影响其品质和产量，使营养价值降低。近年来，小RNA深度测序以及生物信息 学分析是鉴定植物病毒的一种高效方法。本研究自2013年至2015