多基因联合建树图解教程(引用高老师).docxVIP

多基因联合建树图解教程（引高老师原创） 工具】（引用高老师原创）　　?MAFFT（多序列比对及序列排序）、SequenceMatrix（多源数据合并） 、PAUP（同质性检验）、Mrbayes（支持分源数据集建树）【流程】?１.序列比对及排序 在MEGA中打开序列进行逐一进行多重比对，并对序列名称进行排序。排序的目的主要是避免后续序列串联拼接时发生错位，如上图所示，点击MEGA比对浏览器界面的左上角Species/Abbrv即可进行升序/降序排列，最后导出Fasta格式的多重序列比对文件。2.序列合并?运行SequenceMatrix，在菜单上依次点击“Import”-“Add Sequence”-选择待目的序列，如下图：  导出过程会提示是否将空位标记为问号，建议选择选择“全否”。逐一添加不同基因的多重比对序列后，同样点击菜单栏上方的“Export”导出nexus文件的合并序列文件，这里注意不同基因的前后顺序。  导出的nexus带序列长度的标识，建议用PAUP等软件对序列文件进化格式化，建议保存为non-interleaved的nexus文件。3.同质性检验同质性检验（Testing for homogeneity）两种方法的参考脚本：?（1）不相合长度差异检验 (Incongruence length difference test ,