比较基因组学的生物信息学分析方法建立及极端嗜酸甲烷氧化细株cb9615和k12菌株bw2952及其5株生物学;微生物学专业论文.docx

南开大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取 南开大学学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取 得的研究成果。除文中已经注明引用的内容外，本学位论文的研究成果不包含任 何他人创作的、己公开发表或者没有公开发表的作品的内容。对本论文所涉及的 研究工作做出贡献的其他个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本学位论文 原创性声明的法律责任由本人承担。 学位论文作者签名： 固蜇熟 2010年5月26 R 非公开学位论文标注说明 根据南开大学有关规定，非公开学位论文须经指导教师同意、作者本人申请 和相关部门批准方能标注。未经批准的均为公开学位论文，公开学位论文本}兑明 为空白。 论文题目 申请密级 口限制(≤2年) 口秘密(≤10年) 口机密(≤20年) 保密期限 20 年 月 日至20 年 月 日 审批表编号 批准日期 20 年 月 同 限制★2年(最长2年，可少于2年) 秘密★10年(最长5年，可少于5年) 机密★20年(最长10年，可少于10年) 摘要摘要 摘要 摘要 基因组学的发展已经经历了近二十年的历史。随着新测序方法的出现，大大 加快了基因组测序的步伐。如何处理和分析这些基因组数据成为基因组学研究 中的主要困难。 本论文建立的两种全新的生物信息学方法均能够大大加快比较基因组学的 工作速度，并且得到更准确的分析结果。以这两个方法为主要工具，结合其他 功能基因组和比较基因组学方法，本论文对8个细菌基因组进行了生物信息学 分析，并且发现其各自的重要特性。 通过这些方法的建立和研究的进行，我们能够进一步加深对微生物的理解， 特别是加深对微生物遗传信息的了解，并且极大促进相关分子生物学的生理生 化特性的研究工作。 随着高通量测序法的发展，基因组的数量急剧膨胀，使比较基因组学成为 后基因组时代的研究热点。比较基因组学通过比较全基因组序列来分析生物之 间进化关系，遗传差异和潜在表型差异。直系同源基因的寻找是比较基因组学 的基础问题，为比较基因组学的后续工作提供基础。直系同源基因寻找程序主 要分为基于BLAST的方法和基于进化树重建的方法，但是现有的所有直系同源 基因寻找程序都依赖于原有的注释。 本沦文选取大肠杆菌种和古菌界的完整基因组序列为研究材料，设计了全 新的基于基因与基因组比较的直系同源基因寻找程序。这个程序使用BLAST方 -．。法进行基因预测，并使用Inparanoid方法将基因比较为直系同源基因对，最后使 ·。用MCL程序将基因对进一步聚类，形成直系同源基因群。 程序突破了直系同源基因寻找依赖于原有注释的瓶颈，在大肠杆菌和古菌 中发现了比原来更多的核心基因群，并重建了两个种属的进化树，同时发现在 大肠杆菌中有显著的基因消减现象。 摘要II 摘要 II 是对生物的进化关系的重建。分子遗传学中重 建进化树的基础是生物DNA或氨基酸序列上的碱基改变。突变是造成这种碱基 改变的一个重要原因，突变随着时间经过而发生，从而形成进化中的树状结构； 然而，同源重组也是导致碱基改变的一个重要原因。同源重组用一个异源的片 段替换基因组的原本片段，从而在短时间内引入大量的碱基改变。重组可以在 远源的物种之间发生，从而打乱生物的树状进化结构。这两种造成碱基改变的 方式通常难以区分，但是对进化树重建有重要影响。 本论文中引入泊松分布模型来描述随机突变，并通过统计学方式初步区分重 组与突变。为了确定重组影响的程度和范围，我们还是用独创的MaxFisher方式 对相邻片段间的碱基分布进行区分，进而将基因组区分为重组区和突变区。 使用区分后的突变，可以进行进化树重建，得到更加准确的进化结果。同时， 论文中发现，重组不但可以影响进化树的枝长，从而误导进化分子钟的推算， 还可以直接影响进化树的拓扑结构，从而使我们无法得到真正的物种亲缘关系。 III 极端嗜酸的甲烷氧化细菌Methylacidiphilum inferorum V4可以在极端酸性的 地裂环境中降解地壳喷发的甲烷，降低温室气体的排放。极端酸性的地裂环境 中每年释放大量的甲烷，然而先前的研究中，使用通用引物无法在酸性环境下 发现甲烷氧化细菌。目前已知的甲烷氧化细菌都属于原细菌门，最低生长PH值 仅为4．0。 本论文中描述了一个极端嗜酸的甲烷氧化细菌Methylacidiphilum inferorum V4，并使用全基因组测序方法取得了V4的全基因组序列。 与原有的甲烷氧化细菌不同，V4属于疣微菌门，并且可以在2．0．2．5的pH 值下生长。本研究在甲烷氧化细菌Methylacidiphilum infe，．orum V4的基因组中发 现了独特的甲烷氧化途径，并分析了V4的核心代谢和其