人血白蛋白结合位点II的分子结合模式研究-IngentaConnect.PDF

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) July Acta Phys. -Chim. Sin. 2016, 32 (7), 1819－1828 1819 [Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201604151 人血白蛋白结合位点II 的分子结合模式研究 徐诗文 林东强* 姚善泾 (浙江大学化学工程与生物工程学院，生物质化工教育部重点实验室，杭州310027) 摘要：人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白，是一种重要的载体蛋白，能与多种内源性和外源性物质结合。 人血白蛋白主要有两个药物结合位点，位点I 和位点II，其中位点II 的柔性较大，对药物分子的亲和性较高。 本文采用分子模拟方法，基于12种结合于位点II 的小分子-人血白蛋白晶体结构，分析了相互作用能，发现 12种分子的结合以疏水作用为主，静电作用为辅。进一步采用丙氨酸扫描和结合能评价，分析结合部位的关 键氨基酸残基，探究结合模式的规律性，发现从位点入口到空腔内部存在静电、疏水和杂合的三层相互作用 分布，共同形成了稳定的分子结合。最后采用分子对接和分子动力学模拟，预测了L-色氨酸的结合模式。研 究结果有助于深入了解人血白蛋白药物位点II 的小分子结合模式，为基于位点II 的药物和分离配基的优化设 计提供指导。 关键词：人血白蛋白；位点II；分子对接；分子动力学；结合模式 中图分类号：O641 Evaluation of Molecular Binding Modes on Site II of Human Serum Albumin XU Shi-Wen LIN Dong-Qiang* YAO Shan-Jing (Key Laboratory of Biomass Chemical Engineering of Ministry of Education, College of Chemical and Biological Engineering, Zhejiang University, Hangzhou 310027, P. R. China) Abstract: Human serum albumin (HSA) is an extracellular protein that has the highest concentration in blood plasma and is a carrier for many small molecules. HSA has an exceptional binding capacity for many endogenous and exogenous ligands, and contains two main binding sites with high affinity for diverse substances, named Site I and Site II. The binding cavity of Site II is more active and has greater ligand affinity than that of Site I. In this study, molecular simulation methods were used to investigate the molecular interactions between Site II and