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胛Y 胛Y 椰—● Ⅲ9 ㈣0 M8唧6 Ⅲ6 帅5 Research and application on DNA computing for routing problems with constraint by HUANG Qixin B．E．(Hunan University)2005 A thesis submitted in partial satisfaction of the Requirements for the degree of Master of Engineering 1n Computer Science and Technology in the Graduate SchooI of Hunan University Supervisor Associate YANG Lei Professor LI Kenli May，2011 湖南大学 湖南大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取 得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何 其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献 的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法 律后果由本人承担。 作者虢孝施 训，嗍：伽年尹眇日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学 校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被 查阅和借阅。本人授权湖南大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入 有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编 本学位论文。 本学位论文属于 l、保密口，在 年解密后适用本授权书。 2、不保密口。 (请在以上相应方框内打“√”) 作者签名： 期： 今秒f|年f月?伊日 导师签名： 期： Z矿f 1年罗月)9日 j j 带约束路由问题的DNA计算研究‘i应用摘要 带约束路由问题的DNA计算研究‘i应用 摘要 带约束路由算法问题一直是通信领域的热点问题。然而，多数特殊约束路由 问题为NP．完全问题，除非NP=P，否则无法给出多项式时间算法。对于这些问题， 已经出现各种伪多项式算法，但这些算法必须在一定的限制条件内才能保证算法 时间效率。1994年Adleman博士首次提出了DNA计算的概念，并设计了DNA算法成 功解决了7个顶点的哈密尔顿路径问题，显示了DNA计算解决复杂问题的巨大潜 力。由于路由问题的特点，可以利用DNA计算高度的并行性将问题的时间复杂度 转化为DNA分子链的空间复杂度，从而在多项式时间内得出问题的精确解。本文 提出一套通用的路由问题的DNA编码方案，并对两种特殊的带约束路由问题进行 DNA计算算法设计。 指定结点路由问题可一般性地定义为带指定结点约束的最短路径问题，是一 个NP难问题。本文提出一种将电子计算机算法与DNA计算算法相结合的方法求解 指定结点路由问题。算法由转化算法，源宿结点搜索切割算法，转化图结果搜索 算法和结果读取算法共四个子算法组成。分析结果表明：执行算法的电子计算机 部分可显著减少参与生化反应的DNA链的数量，在试管内DNA链数恒定的情况 下，增加了可解决问题的结点和链路的规模。算法的DNA计算部分对最短路径进 行并行搜索，可以在多项式时间内得出问题的解。 链路分离路径对可用于保障网络传输稳定性，增加传输带宽和实现负载均衡。 本文对计算链路分离路径对的电子计算机算法LIDOMPA算法进行算法优化改进， 提出基于DNA计算的高效并行算法。该算法主要由最短路径搜索算法，路径分类 算法，链路分离路径构造算法组成。在DNA计算中，可以将LIDOMPA算法中多个 需要指数时间复杂度的操作改进为多项式时间。 本文主要探讨了DNA计算针对两种特定约束路由问题的算法，并为其它路 由问题的DNA计算编码和基本操作提供了通用方案。只要未来关于DNA计算的 生物技术走向成熟，DNA计算完全可以在路由问题中发挥更大的作用。 关键词：DNA计算；指定结点路由；链路分离路径； NP完全问题 U Routing Routing algorithms with constraints is always a hot issue in telecommunication field．Most routing problems with special constraints are NP-Complete problems， however．they can be solved in polynominal time only if NP=P．There are several pseudo—polynominal time algor