蛋白转导域ptd的预测及其穿膜功能机制的初步研究生物医学工程专业论文.docxVIP

中国医学科学院中国协和医科大学博士研究生学位论文英文缩略语表 中国医学科学院中国协和医科大学博士研究生学位论文 英文缩略语表 缩略词 英文全称 中文全称 ANTP Antermapedia homeodomain 触角足同源异形基因 AUC Atea Under Curve 曲线下面积 FN False negative 假阴性 FP False positive 假阳性 hPerI Hunlan Period 1 人周期蛋白1 HSPG Heparan sulfate proteoglycans 肝素硫酸盐蛋白多糖 Mcc Matthews correlation coe伍cient 马氏相关系数 PTD Peptide Transduction Dommn 蛋白转导结构域 RMSD Root ofMean Square Deviations 方均根偏差 ROC Receiver Operating Character 受试者操作特性曲线 SAS Solvent accessible 溶剂可及表面积 SVM Support Machine Learning 支持向量机 TN True negative 真阴性 TP True positive 真阳性 TSVM Transductive Support Machine Learning 直推式支持向量机 中国医学科学院中国协和医科大学博士研究生学位论文中文摘要 中国医学科学院中国协和医科大学博士研究生学位论文 中文摘要 蛋白转导域(PTDs)是一段富含碱性氨基酸的短肽。因其能携带活性蛋白质穿过 细胞膜，可能成为新一代基因治疗和分子治疗的工具，是近年来分子生物学中具有重 要意义的研究领域。到目前为止，无论是PTD的数目还是对其穿膜机制的认识都十 分有限。 本研究首先利用支持向量机(SVM)并n直推式支持向量机(TSVM)算法，对来源于 SwissProt数据库的蛋白序列片段进行模式识别分析，比较了两者的性能和应用中的 特点。综合两种方法的预测结果识别出1211个新的PTDs。然后本研究对其中的一个 预测结果hPerl—PTDs，进行理化性质和结构特征分析，探讨了与其穿膜功能相关的 因素。 本研究的主要内容和成果如下： 1，建立了基于局域网的生物分析平台。该平台既整合了一些常用和最新的蛋白 分析工具以及必要的数据库，还包括了后续研究所需要的一些软件工具。此平台不仅 可以为实验室提供基于Web界面的生物计算分析服务，也为下一步研究搭建了所需 的分析平台。 2．利用模式识别的方法SVM和TSVM预测PTDs。主要工作包括： (1)建立PTDs分析数据库。该数据库包含了已经过实验证实的PTDs、从 SwissProt数据库提取的序列片段和预测的结果； (2)建立了针对PTDs特性的向量特征描述方法。用68个数值来描述蛋白质 序列片段的整体物理化学性质和相关理化性质沿蛋白序列的分布。支持 向量机良好的分类性能充分证明此种PTDs性质描述方法的有效性； f3)探索性地将TSVM应用于生物数据分析中。本实验构建了TSVM和SVM 两类分类器，利用交叉验证和网格搜索的方法对分类器进行参数优化 后，两者均表现出很好分类的性能，准确度达到90％以上，平均敏感度 生里墨堂型兰些±里垫塑垦型查堂堡主堡壅竺堂垡笙三和特异度也均超过85％： 生里墨堂型兰些±里垫塑垦型查堂堡主堡壅竺堂垡笙三 和特异度也均超过85％： (4)比较了TSVM和SVM的性能。认为在实例样本和测试样本空间分布一 致的前提下，进行合理的参数选择后，TSVM显示了在准确度和特异度 方面的优势；SVM则稳健性较强； 口)利用上述分类器识别出121 1个新的PTDs。 3．利用生物信息学的方法对hPerl-PTD及其单～位点Ala突变体引起的理化性 质和空间结构变化进行分析，并经过分子生物学实验对照验证。主要工作包括： (1)利用蛋白质三维结构预测的方法建立hPerI．PTD及其突交体的结构模 型； (2)根据建模结构，进行分子的电荷分布、疏水性和结构分析，证明了第836 位Arg突变为Ala导致了在表面电荷分布方面发生显著改变，造成分子 表面的正电荷集中区域缺失，以及分子的疏水性下降。 (3)在分子生物学实验中，建立单一位点Ala突变体，并进行穿膜实验。证 明第836位Arg突变成Ala后，hPerl-PTD穿膜功能丧失。 (4)以上实验结果证明，在hPerl．PTD的穿膜过程中较大范围的正电荷的集 中是其穿膜的关键因素，hPerl．PTD的n一螺旋有助于形成这种正电荷的 集中。疏水性相互作用在hPerl．PTD穿膜过程也起一定作用。 本研究的主要创新点： (1)建立了第一个关于PTDs的数据库； (2)针对影响PTDs功能因素，建立了