本地化生物信息学平台的完善和大批量水稻数据的分析生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书 学位论文 否 如需保密，解密时间 年 月 日 是否保密 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果．尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此进行了审定．与我一同工作的同志对本研究所做的任 何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意．挠榭 帆加乡年6月哆日 学位论文作者签名．／％∥臣邑吁 导师签名：否z辛 签名日期：撕6月f；j 签名日期：。务幻‘年石月e日 注；请将本表直接装订在学位论文的扉页和目录之同 缩略词表缩写词 缩略词表 缩写词 中文 英文 垒!堕!!竺i!呈竺垡呈!塑 呈堡曼!i堕 ACN 登录号 GenBank A__CCcession Number 互补DNA _complementary龇 编码序列 CoDmg Sequence 缺失，插入借换 D__eletio_n_／／ⅡlsertiordS_ubstitution 跳哪{刍嘣 欧洲生物信息学研究所 European Bioinformaties_Institute 阱 表达序列标签 Expressed Sequence Tag ∞ 十亿碱基 ggabase ∞ 十亿字节 GigaB_yte ∞ 基因分类 —G—ene Ontology 。 系统编号 丛ntifier 蚴 插失 L2sertion／de．__．!etion 妨 千碱基 k—．ilo—b．ase 枞 水稻分子生物学百科全书 Knowledge-based_Oryza Molecular (日本) biological Encyclopedia(Japan) Mb 百万碱基 M_iIlion b_ase MB 兆字节 __MegaB_．．yte NCBI 国家生物技术信息中心 National C_enter for Biotechnology (美国) Information(USA) PERL 实用析取报表语言 Practical E_xtraction Report Language poly(Aft) 多聚腺嘌P4／／拇腺嘧啶 卫出(Adenine／rnymine) QTL 数量性状位点 Quantitative—T．rait—L—oci SNP 单核苷酸多态性 Smgle N__ueleotide Polymorphism T舭L-PCR 热不对称交错PCR 卫aermal Asymmetric I_merLaced迅 11GR 基因组研究所(美国) 啦_Institute for G．．_enomie__Researda(USA) T-DNA 转移DNA T_ransferred巡 URL 统一资源定位器 _Uniform垦eSOUl-ge Locator UTR 非翻译区 _UnTranslated Region 摘要本实验室在过去的十年里积累了大量的实验数据，先后构建了一个用籼稻明恢 摘要 本实验室在过去的十年里积累了大量的实验数据，先后构建了一个用籼稻明恢 63全生育期的15个组织制备的平衡化eDNA文库和一个含有12万多水稻突变体家 系的资源库，这为建立本地化的生物信息学平台和系统分析大批量水稻数据提供了 良好的基础。在前人的基础上，本研究主要从以下几个方面开展了工作： 1．随机对明恢63均一化cDNA文库超过4万个克隆进行5’末端测序，获得了 39208条籼稻表达序列标签(EST)，构建了一个基于这些数据的水稻EST数 据库(REDB，http：／／redb．ncpgr．cn)。 2．将原始EST序列，通过去污染、精处理及应用ESTClustering程序分析，得 到了17835条唯一序列。每条序列都初步认为代表一个唯一基因。在这些序 列中，2663条是新的，并且至少70条是籼稻所特有的。 3．用三种方法将明恢63序列与大量来自GenBank中的EST和全长eDNA比较， 在亚种间和亚种内水平均发现了大量插入、缺失和替换等多态性现象。对比 全部的表达序列问的多态性，亚种间的出现频率要高于亚种内的。但是，不 同的分析方法以及在不同水稻品种进行各种多态性分析的结果是不稳定的。 4．总共有15726条唯一序列，包括697新的序列，被定位到前人工作中检测到 的大量农艺性状的数量性状位点(QTL)所在区间。这些结果可用于开发遗 传图谱上的新分子标记，检测与水稻品种徊】表型变异相关的等位多态性，以 及通过候选基因法来加快QTL克隆． 5．籼亚种栽培稻占有世界水稻产品的最大面积，本研究首次对来自籼亚种水稻