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中国试剂网 3.26.233.26.23 蛋白组学分析软件一览 蛋白组学分析软件 StartFragment ProtParam 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于蛋白质序列的物理-化学 参数（氨基酸、原子组成，等电点，消光系数等） MultiIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于通过等电点、分子量、 氨基酸组成、序列标签、肽指纹数据等识别蛋白 AACompSim 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序将登录在 Swiss-Prot 数据库的蛋白质氨基酸组成与其它登录蛋白质进行对比分析 AACompIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序用于通过氨基酸组 成识别蛋白质 3D Protein Display and Sequence Analysis for the PC (UIUC) 蛋白质三维构象展 示。 3D-PSSM 借助序列、三维结构的序列轮廓，结合二级结构、溶剂势信息，基于 网络的迅捷蛋白质折叠识别方法。 Align3 在微机 DOS 操作系统中运行的核酸、蛋白质三序列分析软件，该软件的 优点在于易学、易懂，缺点是仅能进行三序列的对比分析。 ALP3——蛋白质三序列的对比分析。 3.26.23 AMBER 蛋白质同源模建。 Analyze 利用 EDMC 方法通过球形构象分析： [1]探讨蛋白质构象特性：分子内、分子间氢键；相对于参考构象的均方根位移 （RMS ）；官能团间、质子间的距离； [2]分析蛋白质整体构象的电学性质—平均化玻尔兹曼分布； [3]利用提供的直角坐标计算二面角； [4]构型调整、构象优化； [5]建立适当的构象统计权重，获得理论预测与实验核磁 NOE 谱、耦合常数匹配 的分析信息； ANTHEPROT Protein Sequence and 3D Structure Analysis (France) 蛋白质序列和三维构象分析。 ARP 处理、阐明生物大分子的电子密度图，构建、修正大分子模型。 3.26.23 ASC 蛋白质分子表观性质分析软件，即通过计算蛋白质分子表面性质探讨分子 作用机理模式。该程序涉及： [1]利用范德华表面或溶剂可及性表面方法探讨蛋白质截断球面性质； [2]利用双立方格子方法数值化蛋白质表面、表面体积； [3]计算分子组装及各组分表面能量、亲疏水性表面 BIOSIM A BIOlogically oriented neural network SIMulator 面向分子生物学的神经网络模拟软件 Blast and Fasta Scripts (Stanford) 蛋白质序列分析。 Catalyst 药物设计操作平台。简易设计分子结构模型的操作平台，提供先进的信 息检索、信息分析、功能模拟访问相关的数据库，设计假设化合物及相关模型， 解释构效关系；进行组化合物的结构、功能对比，设计特定药效基团；筛选特定 结构化合物。 Cerius2 材料科学、化学领域的分子构效分析的操作平台。依托于 UNIX 图形工 作站，用于构间分子模型、结构优化，进而结合组合化学数据库进行结构功能分 析，借助该操作平台提供的大量的回归、分析技术，利用现有的活性数据、获得 的回归方程预测、设计全新活性化合物。该操作平台为 Gaussian 程序提供了方 便、简洁的链接，并为计算结果进行图形分析。 3.26.23 DELILA Sequence analysis system(NCI/FCRDC) 序列分析。 FASTA 基于网络的借助数据库主要进行蛋白质的序列对比分析。 FLEX 3D from The Scripps Institute 蛋白质空间构象分析。 FoldIt (light) - Molecular Graphics - Macintosh