分子生物网络分析（崔颖）复习题.pptVIP

分子生物网络分析复习题 教 师：崔 颖 办公室：外语学馆412室 E- mail: cuiying204@163.com 第0章 引言 一、名词解释：网络、网络科学、分子生物网络 二、简答题： 1.网络科学的子学科包括哪些？ 2.美国宾夕法尼亚州立大学教授Albert在报告中介绍了在网络科学和系统生物学交叉领域的3个重大研究课题是什么？ 3.生物网络主要研究的基本性质？ 4.生物分子网络的分类？ 第1章 生物分子网络基础 一、名词解释：复杂网络、直径、平均路径长度、聚类系数、介数、紧密度、拓扑系数、度的分布函数、聚类系数的连通度函数、随机图理论。 二、简答题： 1.哪些生物分子网络通常是无向网络？ 2.如何通过网络拓扑属性分析节点在网络中的作用？ 3.什么是中心（hub)节点？生物分子网络中的中心节点有什么特点？ 4.网络中的弱连接和强连接都分别有什么作用？ 5.复杂网络的复杂性主要表现在哪几个方面？ 6.什么是度分布，通常有几种度分布函数，请举例说明。 第1章 生物分子网络基础 三.计算： 1.计算下图D点的拓扑属性 2.计算网络的拓扑属性。 3.计算图中BD边的介数。 4.计算图中点D的介数。 5.请指出图中的中心节点。 6.给出图的度分布情况。 第2章 网络拓扑基本模型及其性质 一.名词解释 1.全局耦合网络；2.最近邻耦合网络；3.星形网络；4.均匀网络；5.无标度网络；6.随机网络；7.鲁棒性；8.脆弱性；9.设计网络；10.演化网络；11.马太效应；12.分形几何；13.适应度；14.模块；15.模体；16.等级网络；17.超家族；18.自相似性； 第2章 网络拓扑基本模型及其性质 二.简答题 1.规则网络的分几种类型？每种类型网络的平均路径长度、聚类系数，度分布都有哪些特点？ 2.随机网络图具有的性质？随机网络模型的拓扑特点？ 3.典型的小世界网络模型有哪些？并比较它们之间的网络拓扑属性的异同？ 4.无标度网络的拓扑属性？ 5.比较无标度网络与随机网络模型。 6.Barabási和Albert提出了一个无标度网络模型，现在称为BA模型考虑到实际网络的两个重要特征。 7.BA无标度网络的构造算法？ 第2章 网络拓扑基本模型及其性质 8.BA模型存在两点不明确的缺点是什么？ 9.适应度模型的构造算法？ 10.局域世界演化网络模型的构造算法？ 11.模块迭代方法？ 12.WS小世界模型构造算法？ 13.NW小世界模型构造算法？ 14.如何判断网络子图为模体？ 15.等级网络构造算法 16.自相似性的特点？ 17.什么是盒子计数法？ 18.什么是重整化过程？ 第2章 网络拓扑基本模型及其性质 三.计算题 1.初始网络含有4个节点，一条边，经过9步,构造BA模型，即m0=4,m=3,t=9. 2.某随机网络含有节点数N=10，P值分别为：0，0.1，0.2，0.4请给出随机化演示过程。 3.用WS小世界模型构造一个网络，其网络含有10个节点，P=0.25. 4.计算超家族中的子图性质。 5.构造等级网络. 6.盒计数法求维数。 7.盒计数法推广算法求网络分割。 8.重整化网络计算。 四.专业英语 第3章 生物网络特征及分类 简答题： 1.发现生物网络并应用网络图的典型案例. 2.生物学面临的新挑战是什么？ 3.人类基因组计划为分子网络的发展带来了新的机遇，促进了哪些网络的快速发展？ 4.分子生物网络的基本特征是什么？ 5.如何理解分子生物网络的度的负相关性？ 6.如何理解分子生物网络的超小世界性？ 7.生物分子网络大致上分成哪四个层次？ 8.分子生物网络的构建方法有哪几种？ 第4章 基因调控网络及其模型 一.名词解释： 1.基因调控网络、2.正向工程、逆向工程、3.布尔网络模型、4.系统生物学、5.点吸引子，动态吸引子、6.有向图模型、有向超图模型、7.线性组合模型、8.加权矩阵模型、9.互信息关联模型、10.基序、11.模块、12.前馈环、13.反馈环 第4章 基因调控网络及其模型 二.简答题： 1.基因调控网络的研究内容是什么? 2.传统遗传学假说? 3.基因调控网络的组成？ 4.基因的表达是可控制及多层次的，主要有哪4个调控层次。 5.从生物网络的观点来看，GRN包括哪6种控制节点，并绘制基因调控网络控制节点图。 6.基因调控网络的节点包括哪些？ 7.目前常见的基因调控网络包括哪些模型？ 8.生物网络的研究主要分为哪两类，研究内容都是什么？ 9.布尔网络的稳定状态分为哪些，布尔网络模型有哪些优点和缺点？ 10.布尔网络在基因调控网络中的主要应用体现在哪几个方面？ 11.布尔网络模型具有哪4个特点？ 第4章 基因调控网络及其模型 12.请详细介绍有向图模型。 13.连续网络模型评