借助基因组数据研究真菌基础生物学问题.pptxVIP

应用真菌学研究进展课程 刘伟;前基因组时代：我们所知道的真菌的数量;在真菌的基础分支中：壶菌门、球囊菌门和接合菌门下分别有1804，449，2876个种被描述记录。 微孢子虫是一种专性寄生性生物，是古类群物种，在分类地位上和真菌为姊妹群。目前有561个种被命名记录。 ;壶菌门：九个目 接合菌门：5个亚门，10个目;接合真菌代表了大多的陆生真菌门，主要特征是从有鞭毛孢子到无鞭毛孢子的形成，孢囊孢子和接合孢子。 游动孢子的壶菌门的主要特征是具有鞭毛的游动孢子，可以在水生环境中生存. 两个门的真菌有可以以活体寄生或内生丛植菌根营养方式。 这是真菌具有生境和营养类型的适应性变化特点，在与植物、动物、真菌和人类的关系表现出不同的形态特点。;真菌无处不在。 因操作便捷、生长速度快、单倍体基因型、在进化关系上和动物更近的特点，在生命科学研究领域的各个方面被用作模式生物进行研究。 第一个被完整测序的真菌基因组是1996年10月发表的Saccharomyces cerevisiae 酿酒酵母。 之后真菌基因组测序的潮流被打开，相继有1899个基因组被提上日程。;;新旧前年交接之际，2002年，在麻省理工学院布罗德学院和哈佛大学共同发起了“真菌基因组计划” Fungal Genome Initiative (FGI)，优先考虑一些重要真菌的基因组测序工作。 2007年，布罗德学院在2007年，作为发起单位，发起了“多细胞生物起源”计划Origins of Multicellularity Project。 2010年，在上海举办的“2009中国真菌基因组研讨会”上起草了中国真菌基因组计划白皮书，旨在关注中国真菌基因组研究的深度、范围和质量。 2011年，美国能源部启动了“千种真菌基因组计划” Fungal Genomics Program (FGP)。该计划的主旨是关注真菌与植物/原料、健康、生物质降解和可再生资源等领域。 因千种基因组计划的待选样品在科的级别，因此同时衍生出了真菌生命进化树计划Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL)。 ;从基因组角度系统的理解真菌的基础进化谱系;Blastocladiomycota 芽枝霉菌门;Chytridiomycota壶菌门;Chytridiomycota壶菌门;Spizellomycetales小壶菌目;Neocallimastigomycota新丽鞭毛菌门;Neocallimastigomycota新丽鞭毛菌门;接合菌门的主要特点是产生接合孢子（zygospore）的厚壁休眠孢子，在接合孢子囊由两个配子囊融合之后发育而成。 菌体呈丝状，偶尔有酵母状和丝状两种形态，无隔。 ;孢囊孢子是其无性繁殖的主要方式，此外还可以产生厚垣孢子、粉孢子、节孢子。 在一定条件下也是人的致病菌，威胁到人类健康，如毛霉病菌，在一些免疫功能低下的病人如糖尿病、癌症或AIDS患者身上的死亡率达50%以上。 该门的不少真菌在食品工业方面也有很好的应用。 ;接合真菌门下面囊括了大多数陆生真菌的基础分支支系。 分子系统学数据表明，该门下分数5个亚门，每一个亚门包含1-4个目。 51个基础分支的物种基因组计划中，接合菌门占28个。;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mucoromycota 毛霉亚门;Mortierellomycotina被孢霉亚门;Mortierellomycotina被孢霉亚门;Entomophthoromycota虫囊霉门;Glomeromycota球囊菌门;和真菌享有共同祖先的其他微生物;胞内寄生，缺乏线粒体细胞器。 核糖体结构特殊：1）和原核生物的大小一致，为70s；2）缺乏真核生物的典型5.8s结构。 在一定程度上表明，微孢子虫是古老的真核生物。 微孢子虫的基因组很小，已知的???个基因组大小在2.22、2.5、4.07、4.15、7.86Mb，基因数量也比较少：分别在1892、2029、2678、2724、2788个。;早期的真菌分类主要基于：化石标本、生理生化标记、细胞壁、同工酶、色素、次级代谢产物、超微结构。 随后，自生物技术的发展，逐渐借助于分子手段进行分类：从环境样品的片段测序，到多基因系统发育，一直到如今的全基因组范围内的系统发育树的构建。 为我们理解真菌的进化提供了新的视角。