生物信息学序列分析.pptVIP

2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测. 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测. 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法三: 用全长cDNA比对预测. (搜索nr数据库) ggctgcacgc ctttccgcga 与fruitfly网站的预测结果非常接近!! 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法四: 搜索dbEST 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 方法四: 搜索dbEST We care?? 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 方法四: 搜索dbEST atcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 与fruitfly的结果几乎一致. 因此,我们初步认为ATC..为TSS 2)启动子序列分析: 确定TSS后的实验验证也是很重要的. 可以选择推测的TSS之前, 之后的序列设计引物, 进行RT-PCR扩增, 初步确定TSS. (该步骤也可以不做) 下一步: 选择TSS(or ATG)之前的2000bp左右的序列, 通过MatInspector程序进行分析. 1、BLAST检索NR或基因组数据库， 打开检索结果，选取基因起始部分拷贝至BioXM软件，手工查找； 2、自动搜索：适合于水稻等基因组公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。 2)启动子序列分析: Select more than 2000bp sequence and copy it into BioXM 注意是否需要将序列反向互补？ 查找SRZ1基因的起始序列． 蓝色部分即为启动子序列 2)启动子序列分析: Easy way: 直接通过网站查询某个基因的启动子序列。 2)启动子序列分析: http://www.genomatix.de/ 2)启动子序列分析: http://www.genomatix.de/ 2)启动子序列分析: http://www.genomatix.de/ 2)启动子序列分析: http://www.genomatix.de/ 2)启动子序列分析: http://www.genomatix.de/ 可以直接将结果放在论文里发表. 2)启动子序列分析:Stress promoter 1.0 2)启动子序列分析:Stress promoter 1.0 2)启动子序列分析: other choices: EMBOSS 6.3.1: tfscan In Class Exercise 1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM); 2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP); 3. Motif(Motif Scan) prediction for ZFP252; 4. Extract the ZFP252 promoter sequence(~1800bp upstream sequence)(BLAST) ** 5. (Optional) Cis-acting element analysis on ZFP252 promoter.(MatInspector) * 　 Bioinformatics 2. Sequence Analysis 1. Databases 3. Phylogenetic analysis REVIEWS Identity/Similarity Homology 空位罚分 打分矩阵: PAM/Blosum 多序列比对 REVIEWS 分子量/等电点 (BioXM) 酶切位点分析(载体构建)(BioXM) 启动子序列分析 (BLAST/Matinspector) Motif的寻找与序列的模式识别(Scan motif/SMART) 亚细胞定位 (ProComp) Others(BioXM) 序列分析的内容