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分子对接简介
及AutoDock使用
刘明伟
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提纲
1. 分子对接基本理论及方法
2. AutoDock/AutoDockTools
1. 分子对接基本理论及方法
蛋白质的结构与功能
一级结构 二级结构/Motif
背景
知识
20AA, 主侧链基团 拉 氏构象
酶的结构和催化机制 两亲性 三级结构
结合部
His
裂缝
Ser
凹陷
Cys
疏水
Glu
催化部
什么是分子对接
受体和配体分子经空间匹配、能量匹配和化学环
境匹配 ，相互识别形成分子复合物 ，同时预测复
合物结构的操作过程。
锁钥模型 诱导契合
整体上考虑配体与受体的结合效果!
分子对接对象
对接
Protein
Nucleic Acids
对接
对接
Chemical compound
Protein
分子对接基本原理
锁钥模型, Fisher 刚性匹配
多个小分子配体与大分子受体反复
对接 ，以寻找最佳结合对接构象
（前50/100个 ）
刚性对接
半柔性对接
空间结构匹配
配体构象 允许一定范围内的变化
诱导契合模型
柔性匹配
配体和受体在对接过程中相互适应 ，达 柔性对接
到更完美的匹配
空间和能量 （电/化学性质 ）匹配
分子对接层次
柔性残基 刚性
刚性对接
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