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蛋白质质谱相关知识余庆重庆邮电大学2014-11-30主要内容串联质谱仪构造及其工作原理利用质谱数据鉴定蛋白质的基本流程串联质谱图（MS/MS）MS/MS质谱图实例肽段碰撞碎裂碰撞诱导解离(CID)产生的碎片离子类型MS/MS质谱的解析串联质谱图（MS/MS）的大规模解析串联质谱图（MS/MS）的大规模解析流程串联质谱仪构造及其工作原理分离系统串联质谱仪的构造：质谱仪是用来测带电离子质量的。LC-MSMS液质仪-液相色谱质谱联用工作原理_标清.flv串联质谱工作视频 安捷伦LC-MS%20%206100视频_标清.flv质谱质量扫描 AB%20Qtrap%20质谱%20工作原理_高清.mp4三重四级杆工作原理质谱数据鉴定蛋白质基本流程鸟枪法MS/MS质谱图实例肽段碰撞碎裂选定的肽段离子在碰撞室与惰性气体作用而发生碰撞诱导解离(collision-induced dissociation,CID)碰撞诱导解离(CID)产生的碎片离子类型在CID碎裂模式中，主要有三种不同的肽键断裂方式，产生6中不同的碎裂离子：即N端的a, b, c型离子与C端的x, y, z型离子. 每种断裂类型分别生成互补的两种离子, 如a-x,b-y,c-z 。最常见的是a 型离子、b 型离子和y型离子，其他类型离子较少出现离子类型符号右下标的数字表示该离子所含有的氨基酸残基数目. 断裂后的离子还可能丢失一个中性的水分子或氨分子C端N端肽链断裂点与离子类型示意图MS/MS质谱的解析串联质谱图（MS/MS）的大规模解析分为三类：数据库搜索方法 目前最被广泛使用的方法。其基本思路是“模板匹配”，将实验得到的图谱与从数据库理论酶切产生的肽段的理论预测图谱进行比对，按照一定的打分规则鉴定出匹配最好的肽段从头测序方法基于肽段序列标签的方法串联质谱图（MS/MS）的大规模解析流程自构蛋白质序列Uniprot DBNCBI DB控制假阳性率（FDR）1%或5%得到结果原始质谱数据（.raw、.wiff文件）得到肽段图谱比对结果肽段图谱打分比对软件（如Mascot）蛋白质序列数据库ensemblDB数据格式转换转换为打分软件(如Mascot)可识别的数据格式（如：mgf）原始质谱数据不同质谱仪产出的质谱数据格式是不同的，如 .raw、.wiff文件。查看这些文件需要专门的软件，如：Thermo Xcalibur Browserraw文件三维数据MS/MS图谱原始质谱数据格式转换由于原始数据一般不能被肽段图谱比对打分软件所识别，所以需要经过格式转为打分软件可识别的格式数据，如：.mgf格式图谱肽段打分比对常用软件如：Mascot肽段与图谱匹配情况 图谱与最终鉴定得到的肽段间的匹配情况可以用plabel软件查看(plabel生成质谱图时所需信息的是从.mgf格式文件中提取的)谢谢！！三重四级杆串联质谱仪。在质谱分析中，待分析的物质粒子首先被离子化（电喷雾法、电子轰击、电喷雾、化学电离等方法），然后再通过适当的电磁场。由于不同质量电荷比的离子对电磁场的反应不同，因而可按照运动轨迹和时间等进行分离和检测。离子的强度同时也被检测和记录。从而得到以离子质量电荷比为横坐标，以离子强度为纵坐标的质谱数据利用串联质谱分析鉴定肽段序列，然后再推断样品中包含的蛋白质，是常用的高通量分析策略，称之为鸟枪法典型的高效液相色谱- 串联质谱联用分析过程中，肽段混合物通过液相色谱分离后，经过电喷雾离子化，进入质谱进行一级、二级质谱分析，被选定的肽段离子在碰撞室与惰性气体作用而发生碰撞诱导解离原始的质谱数据如：.raw文件是一个三维的图谱，横坐标为 时间、质荷比，纵坐标为 相对丰度