基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼-现代食品科技.PDF

现代食品科技 Modern Food Science and Technology 2018, Vol.34, No.11 基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼 细菌多样性评价 1 2 1 1 1,3 王玉荣 ，廖华 ，赵慧君 ，张振东 ，郭壮 （1.湖北文理学院食品科学技术学院，湖北襄阳 441053） （2.恩施市农业局，湖北恩施 445000）（3.恩施市公共检验检测中心，湖北恩施 445000） 摘要：作为我国传统的发酵食品，腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以 16 s rDNA 基因为标靶，采用聚合酶链式 反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE ）与MiSeq 高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。 PCR-DGGE 结果表明，腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter 和Lactobacillus 为主。MiSeq 高通量测序结果表明，腊鱼中的优势细菌门 主要为变形菌门（Proteobacteria ）、硬壁菌门（Firmicutes ）、拟杆菌门（Bacteroidetes ）和放线菌门（Actinobacteria ），其平均相对含量 分别为 61.29%、30.21%、5.34%和 1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为 Psychrobacter 、Brochothrix 、Pseudomonas 、Staphylococcus 、 Acinetobacter 、Vibrio、Pseudoalteromonas 和 Chryseobacterium，其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、 3.09%和 1.98%。在分类操作单元（Operational taxonomic units，OTU ）水平上，发现了 64 个核心 OTU，累计平均相对含量高达62.67%。 由此可见，恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria 的Psychrobacter 及隶属于 Firmicutes 的Brochothrix 构成，且不同 样品共有大量的核心细菌菌群。 关键词：恩施；腊鱼；细菌；变性梯度凝胶电泳；高通量测序技术 文章篇号：1673-9078(2018)11-208-213 DOI: 10.13982/j.mfst.1673-9078.2018.11.031 Evaluation of the Bacterial Diversity in Cured Fish Samples Collected from Enshi by PCR-DGGE and MiSeq High-throughput Sequencing 1 2 1 1 1,3 WANG Yu-rong , LIAO Hua , ZHAO Hui-jun , ZHANG Zhen-dong , GUO Zhuang (1.School of Food Science and Technology Hu Bei University of Arts and Science, Xiangyang 441053, China) (2.Enshi Agricultural Bureau, Enshi 445000, China) (3.Enshi Public inspectio