未知病原体快速检测平台整体解决方案.PDF

[在此处键入] 未知病原体快速检测平台整体解决方案 背景：新发突发传染病是人类面临的一个重要威胁，人口的增长、迅速 的城市化、自然生态环境的改变、人和野生动物接触的机会增加、经济的全 球化、跨国旅行人口数量的激增、跨国旅行速度的加快以及抗生素的滥用等 大大增加了新发产染病的风险。根据 WHO 的研究报告，自 1967 年以来，至 少有 39 种新的病原体被发现，重要的包括艾滋病毒、埃博拉病毒、马尔堡病 毒 SARA 病毒、禽流感病毒和猪流感病毒等。而大部分传染病都会通过与人 类密切接触的家畜、家禽等中间宿主传播给人类，因而包括 SARS 病毒、流感 病毒、致病性细菌等病原体在内的动物疫病的预防控制显得尤为重要。新型 疾病正以前所未有的速度（平均每年新增一种）出现，并跨越国境在全世界 传播。新发传染病由于没有分析检测盒诊断治疗手段，加之人群普遍缺乏免 疫力，易造成重大社会影响。有些新发突发传染病可能造成重大的人员伤亡， 严重影响社会稳定和经济发展。2003 年 SARS 的流行给了我们很好的警示（亚 太国家的经济损失高达 600 亿美元）。因此加强重大疫病预防控制工作 中的重要新发突发传染病的快速检测能力建设对于国家安全和社 会民生均具有重要意义。 针对新发突发传染病病原体进行快速鉴定，在最短的时间内获取病原体 的信息，对于有效控制突发生物危害事件 具有重要的指导意义。病原微生物的快速 检测方法有很多种，包括基于抗原抗体的 免疫学方法和基于核酸检测的方法。这些 方法各有特点，而序列测定的方法是确定 微生物最为准确可靠的方法之一。传统的 序列测定方法耗时长、成本高、通量低，无 法满足对于未知病原的分析。由于未知病 原体的核酸序列未知，因此不能够采用PCR 技术进行扩增和测序。 杭州纽蓝科技有限公司 [在此处键入] 近年来发展起来的高通量测序技术（NGS），则大大地拓展人 们对 新发传染病的检测手段，成为当前传染病研究的主流技术， 随着该技术的推广和应用，通过这种方法得到的基因序列也成指数形式增长， 极大的丰富了微生物数据库，这在未知病原体发现方面具有十分重要的意义。 l 传统检测技术简介： 以往要得到生物样本的基因序列都是通过一代测序（也称 Sanger 测序）， 一次只能检测一段 500-800bp 的核酸序列，并且要求对病菌进行分离培养，对 未知病毒就毫无办法。一代测序方法需要设计特异性引物对样品进行扩增，无 法针对新物种或无参考区域的样品进行快速检测。 一代测序结果以峰图形式显示，对于低频突变难以分辨 杭州纽蓝科技有限公司 [在此处键入] 相比传统的测序方法，二代测序主要有以下优势： (参考 .uk/news- updates/news/2012/aug/ngs#.USXNTVphuUw ) (1) 高质量的病原体溯源； (2) 分辨率更高，可以分辨从亚型突变角度分辨再次爆发与再次感染； (3) 更深入地理解全球微生物种群结构，包括耐药性的获取、血清型的突 变； (4) 速度上的优势，比如在医院里的一次 MRSA （耐药金黄色葡萄球菌）疫 情爆发案例，证实了 NGS 在 48 小时内可以确认爆发、找到被遗漏的传 播方式、查找突变型、耐药性、毒性基因等。 生物芯片技术是现今用得