基于多核学习的肿瘤-药物——基因语义关系提取-情报学专业论文.docxVIP

硕士学位论文基于多核学习的 硕士学位论文 基于多核学习的 肿瘤．药物．基因语义关系提取 所 院： 医学信息研究所 姓 名： 王逯姚 指导教师： 任慧玲研究馆员 学科专业： 情报学 研究方向： 医学信息资源整合与文献挖掘 完成日期： 二。一五年五月 万方数据 独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研 独创性声明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研 究成果。论文中除了特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人已经发表或撰 写过的研究成果，也不包含为获得其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。 与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表 示谢意。 学位论文作者签名： 锄k 签字日期： 砂 年；月歹日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解j匕京协塑医堂畦有关保存、使用学位论文的管 理办法。有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文 被查阅和借阅。本人授权j匕京协塑医堂院可以将学位论文的全部或部分内容编 入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位 论文。 (保密的学位论文在解密后适用本授权书) 学位论文作者签名： 导师签名： ．I眯沁 签字日期：MK年 6月岁日 签字日期：加哆年莎月y日 学位论文作者毕业后去向： 工作单位： 电话： 通讯地址： 邮编： 万方数据 目录中文摘要 目录 中文摘要 ．．I Abstract．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．】[ 1引言 ．1 1．1研究背景 ．1 1．2研究目的与意义 ．2 1．3研究现状 ．3 1-3．1语义关系提取方法研究现状 一3 1．3．2肿瘤．药物一基因关系提取系统研究现状 5 1．4研究内容 ．6 1．5研究方法与技术路线 ．7 1．6论文组织结构 ．8 2基于多核学习的语义关系提取相关理论 1 0 2．1语义关系提取关键技术 10 2．2肿瘤．药物．基因三者相互作用关系类型 ．11 2-3多核学习原理 12 2．3．1机器学习 ．．12 2．3．2核方法 13 2．3．3支持向量机 ．13 2．3．4核函数的构造 ．．15 2．3．5多核学习方法 ．．15 2．4本章小结 1 6 3肿瘤．基因．药物语义关系提取方法 ．1 7 3．1语料预处理 17 3．2多核函数的构造 1 8 3．2．1词汇核 18 3．2．2句法核 20 3．2．3语义核 20 3．3多核学习模型的构造 21 3．4奉章小结 22 4语义关系提取实验及结果分析 23 4．1实验语料 23 4．1．1 CTD数据库概述 ．．23 万方数据 4．1 4．1 12实验语料采集结果 一25 4．2实验评测指标 26 4．2．1准确率和召回率 ．．27 4．2．2 F值(F—measure) ，27 4．3实验内容及结果分析 28 4．4与其他研究方法比较 28 4．5本章小结 29 5面向肿瘤个体化用药的语义关系提取系统设计与实现 30 5．1系统设计方法 30 5．1．1数据收集 30 5．1．2数据预处理 31 5．1．3命名实体识别 31 5．1．4肿瘤．药物．基因语义关系提取 31 5．1．5提取结果管理 32 5．2数据存储与组织方式 32 5．3系统功能 33 5．3．1功能模块 33 5_3．2用户查询 35 5．4本章小结 37 6总结与展望 39 6．1研究工作总结 39 6．2研究展望 ．．． 40 参考文献 42 攻读硕士期间发表论文及参与科研情况 48 致谢 49 万方数据 图目录图1—1 图目录 图1—1 肿瘤一药物一基因语义关系提取研究技术路线图 8 图2．1 肿瘤．药物一基因三者相互作用关系类型 ．1 1 图3．1 基于多核学习的肿瘤一药物一基因语义关系提取研究方法流程图 ．17 图4—1 肿瘤．药物．基因语义关系提取实验语料格式 ．26 图5—1 CDG系统数据处理流程图