甲状腺乳头状癌淋巴结转移灶的全外显子组测序研究-临床医学专业论文.docxVIP

学校代码： 学校代码： 10023 学 号： 200701009 甲状腺乳头状癌淋巴结转移灶的 全外显子组测序研究 专业年级： 北京协和医学院临床医学专业2007级 姓 名： 陈少博 导 师： 赵玉沛(教授) 陈革(副教授) 北京协和医学院 临床学院(北京协和医院) 基本外科 完成日期： 201 5年6月 万方数据 目录中英文缩略词表 目录 中英文缩略词表 2 摘要 3 —1L—．L 日U舌 ．．7 第一部分、甲状腺乳头状癌及淋巴结转移灶标本的获取 ．．10 引言 ．．10 实验材料 ．．10 实验方法 一1 1 实验结果 ．．11 讨{念 ．．13 第二部分、甲状腺乳头状癌淋巴结转移灶的全外显子组测序 ．．15 引言 ．．15 实验材料 ．．15 实验方法 ．．16 实验结果 ．．19 讨{仑 ．．26 结论 3 1 参考文献 ．．32 预防性中央组淋巴结清扫在甲状腺乳头状癌手术中的地位 ．．37 参考文献 ．．42 致谢 47 独创性声明 ．．48 万方数据 中英文缩略词表缩略词 中英文缩略词表 缩略词 英文全称 中文全称 BRAF proto--oncogene B··Raf CHEK2 Checkpoint Kinase 2 DNA Deoxyribonucleic Acid 脱氧核糖核酸 Eukaryotic translation initiation factor 1A， EIFlAX X．1inked NGS Next Generation Sequencing pCND prophylactic central node dissection 预防性中央组淋巴结清扫术 PCR Polymerase chain reaction Polyphen Polymorhpism Phenotyping PPM 1 D Protein Phosphotase 1 D PTC Papillary Thyroid Cancer 甲状腺乳头状癌 RAS The Rat Sarcoma Oncogene SIFT Sorting Intolerant from Tolerant SNP Single Nucleotide Polymorphism 单核苷酸多态性 TCGA The Cancer Genome Atlas 癌症基因图谱计划 盟里墨!堕Q!里里茎Q里皇璺皇业里些i篁 全21里王塑型壁 2 万方数据 摘要背景 摘要 背景 甲状腺乳头状癌是十分常见的甲状腺恶性肿瘤。其特点为发病率高但预后较 好。甲状腺乳头状癌易发生颈部淋巴结转移，但由于转移灶经常较小，难以被术 前超声或术中触诊发现。因此为了降低疾病复发的可能风险，相当部分的术前未 发现淋巴结转移的甲状腺乳头状癌患者接受了预防性的中央组淋巴结清扫术。但 该手术会增加喉返神经损伤以及甲状旁腺损伤的风险。一个新的判断甲状腺乳头 状癌患者是否存在淋巴结转移的检查可以帮助检查为阴性的患者避免进行中央 组淋巴结清扫术，从而降低手术相关并发症的发生率。近年来对甲状腺乳头状癌 的研究发现了多个与疾病发生相关的突变，但淋巴结转移的机制和驱动基因尚未 被发现。全外显子组测序技术可以发现与疾病相关的大量单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)位点以及可能的基因突变。对淋巴结转移灶标 本进行全外显子组测序，既可以帮助阐明转移的机制，又可以指导基于疾病相关 SNP的诊断工具的开发。因此本研究的目的包括：(1)通过对甲状腺乳头状癌 原发灶及转移灶的全外显子组测序获得与肿瘤转移相关的突变与SNP；(2)解 释甲状腺乳头状癌发生淋巴结转移的可能机制。 方法 本研究纳入通过术前超声、术中触诊和术后病理检查证实存在多个淋巴结转 移的甲状腺乳头状癌患者，并通过手术留取肿瘤原发灶和转移灶的标本。通过 DNA提取、纯化、杂交、捕获等步骤，对样品进行全外显子组测序。对测序获 得的结果进行严格的质量控制。最终获得的与甲状腺癌转移相关的SNP位点经 过多种生物信息学方法的筛选以及同己知的与甲状腺乳头状癌发病相关的SNP 数据库进行比对分析，获得最终可能对转移有重要意义的SNP和突变。 结果 共获得来自3个患者的淋巴结及原发灶样本共9份。外显子组测序平均深度 为122×，每个样品获得SNP总数超过40000个。经过筛选以及与己知数据库 对比分析后，获得可能与转移相关的SNP位点53个。进一步筛选得到出现频率 较高的SNP位点14个。对测序结果的分析表明，BRAF突变在淋巴结的转移中 可能不起主要作用。而CHEK2突变可能对该过程有重要的影响。此外，涉及 PDE4DIP，SPTB，TBClD32等多个基因的SNP改变均可能与甲状腺乳头状癌 万方数据 的转移相