EXD33基因的表达及功能的生物信息学分析.PDF

J South Med Univ, 2019, 39(2): 215-221 doi 10.12122/j.issn. 1673-4254.2019.02.14 ·215 · 胃癌中胃癌中EXDEXD33 基因的表达及功能的生物信息学分析基因的表达及功能的生物信息学分析 1 1 2 2 孙灯众 ，刘牧林 ，吴华彰 ，黄福新 1 2 蚌埠医学院 第一附属医院胃肠外科，生物科学系，安徽 蚌埠 233003 摘要：目的通过生物信息学分析研究胃癌与正常胃粘膜间具有差异性表达的基因，找出参与胃癌发生发展及预后的关键基因， 并对其所涉及的功能进行分析预测。方法 从GEO 表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE100935（包括18例胃癌样本 及正常胃粘膜组织），利用Morpheus 在线软件分析基因芯片GSE100935的数据，获得在胃癌与正常胃粘膜组织中存在差异表达 的基因，并构建聚类分析热图；利用软件UALCAN 在线分析差异表达基因在胃癌与正常胃粘膜组织中表达水平；利用Kaplan- Meier 绘图软件对差异表达基因在胃癌患者中的表达高低进行生存分析；最后采用Fun Rich 软件进行GO 功能富集分析，网站 STRING 构建目的基因蛋白互作网络。结果 通过分析基因芯片GSE100935获得45119 个差异表达的基因；在线分析软件 UALCAN 显示EXD3基因在胃癌组织中高表达；同时生存分析提示当EXD3基因高表达时，胃癌患者的预后相对较差；GO 功能 富集分析发现，差异表达基因主要与胃癌细胞核苷酸的新陈代谢调节以及转录因子的活动有关。结论 EXD3 可能是胃癌中潜 在的癌基因，可能与DNA 损伤修复有关，其表达上调在胃癌的发生发展及预后过程发挥重要作用，并有望成为判断胃癌患者预 后的重要的生物学指标。 关键词：EXD3 ；胃癌；生物信息学分析；预后 Bioinformatics analysis of expression and function of EXD3 gene in gastric cancer 1 1 2 2 SUN Dengzhong , LIU Mulin , WU Huazhang , HUANG Fuxin 1 2 Department of Gastrointestinal Surgery , First Affiliated Hospital, Department of Biological Sciences , Bengbu Medical College, Bengbu 233003, China Abstract: Objective To investigate the differentially expressed genes between gastric cancer and normal gastric mucosa by bioinformatics analysis, identify the important gene participating in the occurrence and progression of gastric cancer, and predict the functions of these genes. Methods The gene expression microarray data GSE100935 (including 18 gastric cancer samples and normal gastric mucosal tissues) downloaded from the GEO expression profile database were analyzed using Morphe