奶牛乳房炎链球菌GapC蛋白的生物信息学分析与重组表位疫苗设计.PDFVIP

江苏农业学报（ＪｉａｎｇｓｕＪ．ｏｆ Ａｇｒ．Ｓｃｉ．），２０１６，３２（４）：８２４～８３１ ８２４ ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｊｓｎｙｘｂ．ｃｏｍ 孔智翔，刘　 祥，殴莎莎，等． 奶牛乳房炎链球菌ＧａｐＣ蛋白的生物信息学分析与重组表位疫苗设计［Ｊ］．江苏农业学报，２０１６， ３２（４）：８２４⁃８３１． ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００⁃４４４０．２０１６．０４．０１８ 奶牛乳房炎链球菌ＧａｐＣ蛋白的生物信息学分析与 重组表位疫苗设计 孔智翔，　 刘　 祥，　 殴莎莎，　 刘成艳，　 同韩虎，　 陈春琳，　 陈　 琛，　 吴三桥 （陕西理工大学／ 中德天然产物研究所，陕西 汉中 ７２３００１） 　 　 摘要：　 为设计奶牛乳房炎链球菌 ＧａｐＣ蛋白的多表位串联疫苗，进一步提高 ＧａｐＣ蛋白的免疫效果，采用 ＤＮＡＭＡＮ、ＭＥＧＡ软件分析ＧａｐＣ的同源性与系统发生，结果显示，不同种类链球菌亲缘关系均较近，尤其是与奶牛 乳房炎有关的链球菌亲缘关系更近。 利用在线软件预测ＧａｐＣ为亲水性蛋白，存在多个酶切位点；采用ＳｉｇｎａｌＰ ４．１ 与ＴＭＨＭＭ Ｓｅｒｖｅｒ ｖ．２．０软件预测ＧａｐＣ无信号肽和跨膜结构，定位于细胞表面；ＳＯＰＭＡ服务器预测ＧａｐＣ二级结构 中含无规则卷曲３０３６％，α⁃螺旋３３９３％，β⁃转角 １２５０％，β⁃片层２３２１％。 采用 Ｓｗｉｓｓ⁃Ｍｏｄｅｌ 预测的ＧａｐＣ三级结 构与二级结构相符。 利用ＡＢＣｐｒｅｄ和ＢｅｐｉＰｒｅｄ方案，预测ＧａｐＣ存在５个 Ｂ细胞表位。 运用神经网络与量化矩阵 法预测ＧａｐＣ具有 １个ＣＴＬ表位。 使用ＭＨＣ⁃Ⅱ类分子结合肽在线程序预测显示 ＧａｐＣ具有 １个Ｔｈ表位。 采用 ＤＮＡＳＴＡＲ Ｐｒｏｔｅａｎ软件重组ＧａｐＣ抗原表位，设计获得抗原性较好的ＧａｐＣ重组表位多肽。 关键词：　 奶牛乳房炎； 链球菌； ＧａｐＣ蛋白； 蛋白结构； 细胞表位 中图分类号：　 Ｓ８５８．２３　 　 　 文献标识码：　 Ａ　 　 　 文章编号：　 １０００⁃４４４０（２０１６）０４⁃０８２４⁃０８ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｗｍａｓｔｉｔｉｓＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＧａｐＣｐｒｏｔｅｉｎａｎｄｄｅ⁃ ｓｉｇｎｉｎｇ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｅｐｉｔｏｐｅ ｖａｃｃｉｎｅ ＫＯＮＧＺｈｉ⁃ｘｉａｎｇ，　 ＬＩＵＸｉａｎｇ，　 ＯＵＳｈａ⁃ｓｈａ，　 ＬＩＵ Ｃｈｅｎｇ⁃ｙａｎ，　 ＴＯＮＧＨａｎ⁃ｈｕ，　 ＣＨＥＮＣｈｕｎ⁃ｌｉｎ，　 ＣＨＥＮＣｈｅｎ， ＷＵ Ｓａｎ⁃ｑｉａｏ （Ｃｈｉｎｅｓｅ⁃Ｇｅｒｍａｎ Ｊｏｉｎｔ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｆｏｒ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ／ Ｓｈａａｎｘｉ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｈａｎｚｈｏｎｇ ７２３００１，Ｃｈｉｎａ） 　 　 Ａｂｓｔｒａｃｔ：　 Ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｍｕｌｔｉ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｔａｎｄｅｍ ｖａｃｃｉｎｅ ｏｆ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＧａｐＣ ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ ｃｏｗ ｍａｓｔｉｔｉｓ，ａｎｄ ｅｎｈａｎｃｅ ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｏｆ ＧａｐＣｐｒｏｔｅｉｎ，ｈｏｍｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ｗｅｒｅ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｏｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．． Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂａｃｔｅｒｉａｗｅｒｅ ｃｌｏｓｅｌｙｒｅｌａｔｅｄ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙｆｏｒｔｈｏｓｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｃｏｗ ｍａｓｔｉｔｉｓ． ＧａｐＣｐｒｏｔｅｉｎｉｓｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｏｂｅ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ，ａｎｄ ｈａｓ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｌｅａｖａｇｅ ｓｉｔｅｓ． Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＳｉｇｎａｌＰ ４１ａｎｄ ＴＭＨＭＭ Ｓｅｒｖｅｒ ｖ．２．０ ｓｏｆｔｗａｒｅｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ ＧａｐＣ ｈａｓ ｎｏ ｓｉｇｎａｌ ｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｄｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｓｔｒｕｃ