菠萝蜜SSR分子标记的开发及其在种质资源遗传多样性分析中的应用.pdfVIP

菠萝蜜SSR分子标记的开发及其在 种质资源遗传多样性分析中的应用 摘要 Lam．)种 要想从更深层次上发掘和利用现有的菠萝蜜(Artocarpusheterophyllus 质，必须找到一个强有力的进行菠萝蜜种质分析的工具。为此，本文进行了菠萝蜜 DNA)标记的开发研究，以期为菠 SSR(简单重复序列DNA，simplesequencerepeat 萝蜜种质资源研究提供一个强有力的、高效的分析手段。 本研究分为两个部分：菠萝蜜叶绿体SSR(cpSSR)引物的开发及遗传多样性的分 用现有的、其他植物上的叶绿体SSR引物，筛选其在菠萝蜜上的可扩增性，并用之 研究菠萝蜜种质的遗传多样性。基因组SSR引物的开发将菠萝蜜基因组DNA经酶切 后转变成AFLP DNA片段，然后用生物素标记的简单重复序歹qJ(SSR)作探针与其杂交， 杂交复合物固定到包被有链霉亲和素的磁珠上，经过一系列的洗涤过程，含有SSR 的AFLP片段被吸附在磁珠表面。这些片段经洗脱下来后，克隆测序，得到SSR位 点序列。根据位点序列，设计SSR分子标记用引物，筛选、优化后用于遗传多样性分 析。 主要研究结果如下： 1．试验得出菠萝蜜cpSSR的最佳反应体系为：在20此反应体系中DNA模板量 DNA聚合酶为1 为2．5 U，引物浓度为0．2 ng／pl，Taq X mmol／L，10 mmol／L，M92+浓度为1．5 PCR缓冲液2．0“l。PCR扩增反应程序是： 944C预变性4min：94℃变性1min，退火50S(退火温度因引物而定)，72℃延伸 1 min。 min，35个循环；72℃延伸10 多态性。 3．在菠萝蜜核基因组SSR引物开发中，共挑取83个克隆用于测序，其中有4 微卫星类型。以2个以上碱基为重复单位，重复数为3以上的微卫星序列占39．2％ (31／79)。 4．成功测序的83个微卫星序列中，有31个有效位点，除一些微卫星序列因本 身结构或两端太短不能设计引物外，共设计引物19对。 5．菠萝蜜核基因组SSR分子标记的最佳反应体系为：在20“L反应体系中DNA 模板量为2 DNA聚合酶为1 ng／p,L，Taq 为O．2 mmol／L，M92+浓度为2 是：94℃预变性4min；94℃变性lmin，退火50 S(退火温度因引物而定)，72℃ min。 延伸1rain，35个循环；72℃延伸10 50条带，其中多态性条带数44条，多态性位点百分率88％；扩增条带最多的引物为 JSR6，扩增出5条。 informationcoment) 7．44个扩增位点的平均PIC(多态信息含量，polymorphism 值最高，为0．4341；平均PIC值最低的为0．0938。 9．根据核基因组SSR扩增结果进行UPGMA聚类显示，所研究种质明显的分为 两类。第一类包括来自海南、云南和部分雷州半岛的种质，第二类包括来自巴基斯坦、 尖蜜拉和剩余的雷州半岛的种质。初步结果表明，核基因组SSR分子标记可将海南、 云南的种质与巴基斯坦的种质分开，但还不能区分来自马来西亚的种质，也不能区分 干、湿包种质。 关键词：菠萝蜜(ArtocarpusheterophyllusLam．)，分子标记开发，SSR，遗传多样性 H Jackfriut