CN1-植物蛋白质组讲议(第一章)(1).ppt

.欧洲 欧共体资助了酵母菌蛋白质组研究 英国资助了三个研究中心,对基因组测序已完成或即将完成的生物进行蛋白质组研究. 法国资助了5个区域性遗传基地,每年获500万美元,主要用于基因组与蛋白质组研究. 德国联邦研究部提供700多万美元在东德建立了蛋白质组研究中心 日内瓦蛋白质组公司和布鲁克质谱仪制造公司成立了国际上最大的蛋白质组研究中心. 丹麦（1997）Centre for Proteome Analysis in Life Sciences 以50%速度递增 1995年第一篇蛋白质组论文发表在electrophoresis 论文数激增 2. 研究材料与范围扩大 研究材料 从支原体Mycoplasma genitalium 真核生物酵母 人体 原核生物 真核生物 单细胞生物 多细胞生物 组织 无需基因计划完成的生物也可 研究范围 蛋白质组作图、蛋白质成分鉴定、蛋白质数据库构建、新型蛋白质发掘、蛋白质差异显示、同工体（isoform）比较 3. 研究进展加快 (1)在研究细胞增殖、分化、异常转化、肿瘤形成等方面进行了探索。鉴定了肿瘤相关蛋白,为肿瘤早期诊断提供了主要依据. (2)酵母双杂交技术已被用于研究蛋白质群连锁群和蛋白质功能网络. (二)国内蛋白质组学研究现状 1997年国家自然科学基金委设立了重大项目，蛋白质组学技术体系建立 中国科学院生物化学研究所、军事医学科学院与湖南师范大学启动蛋白质组学研究 中国科学院上海生命科学研究院、军事医学科学院与复旦大学相继成立了蛋白质组学研究中心 技术平台建设达到国际先进水平 重大疾病蛋白质组学发现了一批与肿瘤转移相关的蛋白质群 清华大学结构生物学实验室(蛋白质结构分析数据计算) 中国军事医学科学院蛋白质组研究中心 蛋白质组工作站 中国军事医学科学院蛋白质组研究中心 蛋白质纯化 质谱仪 北京华大蛋白质研究中心有限公司 存在的问题 (1)在植物蛋白质组学研究方面明显滞后 国内各大学和研究机构刚起步开展蛋白质组学研究,但限于设备条件和经费,研究进展与国际前沿有相当距离. (2)专门人才相当匮乏 国内从事基因组研究人才较多,但掌握蛋白质组学的专才相对较少. (3)需要建设大型技术平台,组织团队联合攻关. 通过建设平台可减少设备的重复投入. 第三节 蛋白质组学的特点与难点 一、同一性与多样性 基因组作为遗传信息的载体，其主要特征就是同一性。 蛋白质是生命活动的主要执行者，对于不同类型的细胞或同一细胞在不同的活动状态下，蛋白质的构成是不一样的。 一个基因组内的基因数目通常是指ORF（可读框）的数目，蛋白质组是一个基因组所表达的全部蛋白质，确定了一个蛋白质就肯定了一个基因，但确定了一个OFR却并不能肯定它会有对应的蛋白质产物。但由于存在mRNA编辑和蛋白质剪切，许多蛋白质很难找到直接对应的ORF。 二、有限与无限 对于基因组研究而言，核心任务是测定所有DNA碱基序列。要测定的基因组不论大小，其核苷酸的数量是明确的。 细胞内的大部分蛋白质通常都被进行过翻译后修饰，修饰过的蛋白质具有特定的理化性质和生物学功能。从而蛋白质组的蛋白质数量将远远大于相应的基因组的基因数量。 三、静态与动态 一个个体的基因组自个体诞生到死亡，始终保持不变。 作为新陈代谢的主要执行者的蛋白质组，在个体的生命活动中总是变动不停。 功能蛋白质组学以研究蛋白质变化为主，主要是比较在不同生长状态下或病理情况下的同一种细胞或组织的蛋白质组内的差异蛋白。 四、时间与空间 DNA通常位于细胞核内，且保持稳定，因此测定基因组DNA序列是不受时空的影响。 不同的蛋白质分布在细胞的不同部位，它们的功能与其空间定位密切相关；许多蛋白质在细胞里不是静止不动的，它们在细胞里常常通过在不同的亚细胞环境里运动发挥作用。 五、孤立行为与相互作用 基因组的基因表达的各种mRNA是彼此孤立的、互不干扰。 蛋白质组研究的一个主要内容是研究大规模的蛋白质的相互作用。相互作用组研究可分为两类：一类是研究蛋白质相互作用的网络，手段主要有大规模双杂交方法、噬菌体显示技术和蛋白质芯片技术；另一类研究是蛋白质复合体组成的分析。 六、单一手段与多种技术 在基因组研究中，DNA测序技术是一个最基本和最主要的工具。 蛋白质组技术可分为两类。第一类是蛋白质组的分离技术，如双向电泳技术、细胞分级分离技术、亲和层析技术等。第二类是蛋白质组的鉴定技术，其核心是质谱技术。蛋