开题报告-基因组注释管理系统.docVIP

? ? 本科生毕业论文（设计） 开题报告 ? ? ? ? ? 题?? 目: ?????????基因组注释管理系统????????? ? ? ?????????????????????????????????????????????????????????????????????? ? 姓? ?名: ?????????????????????????? ? 学?? 院: ????????????????????????信息科技学院???????????????????????? ? 专?? 业: ??????????????????????计算机科学与技术????????????????? ? 班?? 级: ??????????????????????????计科121????????????????????? ? 学?? 号: ?????????????????????????1????????????????????? ? 指导教师: ????????????????? 职称:??????????副教授?????????? ? ?2016 年 6 月 4? 日 南京农业大学教务处制  本课题的意义、国内外研究概况、应用前景等（列出主要参考文献） ?随着二十世纪以来自然科学的迅猛发展，生物科学和计算机信息技术成为两个热点领域。生物信息学是利用计算机科学的技术手段来研究生物学数据的一门学科。由于测序技术的不断进步与测序成本的不断下降，越来越多的生物物种被测序。基因组测序数据量的暴增使得研究人员手工管理非常困难。因此，有必要设计开发自动化的注释管理工具。 1995年，Owen White设计出了第一套基因组注释软件系统。该系统能够自动识别基因、转录基因和其他生物学特征，并能够初步的分析它们的功能。如今大多数注释系统与之类似。基因组注释主要是基于相似序列具有相似功能的假设，利用计算机程序与已知功能的数据库如NR、SwissProt、KEGG、GO等进行序列比对，获得未知基因序列的功能信息。如今在已经解序的生物基因组中，仍存在大量未知功能的基因序列。确定未知基因的功能是后基因组时代面临的具有挑战性的任务之一。在基因组数据库方面，有大型的综合型基因组数据库如NCBI、Ensembl、DDBJ、UCSC等。也有比较小型的单一物种基因组数据库如Flybase、SilkDB、MonarchBase、DBM-DB和ChiloDB等。他们的共同点是，管理基因集需要专业生物信息人员的参与，一般的生物研究人员很难管理。另外，这些数据库或者是大型综合型数据库，或者是某物种的专有数据库。根据文献检索结果，目前尚无可自动化注释，支持多物种的基因组数据库。 随着基因组序列数据的不断积累，基因组学、转录组学、蛋白质组学的通量在不断提升。生物数据信息越来越丰富，对于基因组注释的可靠性会不断提高，而范围也会不断扩大。自动化基因组注释管理系统可以帮助广大的生物研究人员在获得第一手实验数据后，及时更新基因组数据。多物种的支持也方便新测序物种的基因组数据可以快速及时提供在线服务，方便相关研究人员及时获取数据。相信在不久的将来，我们会得到更多关于生物进化历程的信息，一个具有完整功能注释的生物基因组也会呈现在全人类面前。 参考文献: [1]王行国.基因功能注释——后基因组时代面临的挑战[J].世界科技研究与发展,2007,01:9-12. [2]解涛,梁卫平,丁达夫. 后基因组时代的基因组功能注释[J].生物化学与生物物理进展,2000,02:166-170. [3]李宝健.展望21世纪的生命科学[J].生命科学,2000,01:37-40+43. 研究的目标、内容和拟解决的关键问题 ?1、研究目标 用基因组序列及gff3注释文件的基本信息进行自动化基因序列提取、翻译和功能注释。在线实现基因的增删改功能，降低管理难度。提供序列比对、注释信息搜索等功能。 2、研究内容 本系统是一个基因组注释系统，为生物研究人员服务，使研究人员可以方便对基因信息进行管理和使用。本系统的主要研究内容包括以下几个方面： （1）自动化构建基因组数据库系统。该系统使得研究人员只需要上传一个物种基因组序列文件和基因组注释文件即可自动化生成基因组数据库系统。研究人员不需要通过手工方式来得到所需的生物数据。 （2）自动化衍生CDS、protein序列。该系统通过使用者上传的一个物种的基因组序列文件和gff3注释文件，利用gffread工具来衍生出CDS和protein序列。 （3）基因信息的管理。通过正则表达式来获取每一个文件当中用户所需要的字段，并插入到数据库中。用户可以对于基因信息进行增删改。 （4）基因组功能注释。通过生物信息序列比对工具Blast来将用户上传的物种的蛋白质序列和SwissPro