基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析-江苏农业科学.PDF

江苏农业科学　２０１９年第４７卷第４期 — ５１— 周军永，陆丽娟，刘　茂，等．基于李府贡枣转录组测序的ＳＳＲ和ＳＮＰ特征分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１９，４７（４）：５１－５４． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１９．０４．０１１ 基于李府贡枣转录组测序的ＳＳＲ和ＳＮＰ特征分析 周军永，陆丽娟，刘　茂，朱淑芳，仇鹏辉，孙其宝 （安徽省农业科学院园艺研究所，安徽合肥２３００３１） 　　摘要：为了简单重复序列（ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔｓ，ＳＳＲ）和单核苷酸多态性标记（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ， ＳＮＰ）开发等研究，以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础，分析了转录组数据中ＳＳＲ和ＳＮＰ位点的分布。 结果表明：转录组数据共获得了２２６４８８条ｃｏｎｔｉｇ序列，其中有４２５７０条ｕｎｉｇｅｎｅ在数据库中得到注释。利用鉴定简单 重复序列的软件（ＭＩｃｒｏＳＡｔｅｌｌｉｔｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｔｏｏｌ，ＭＩＳＡ）进行ＳＳＲ位点的搜索，共得到１８０１６个ＳＳＲ位点，ＳＳＲ位点的 出现频率为０．４３个／ｋｂ。ＳＳＲ位点共包含 １６４种重复基元，其中以Ａ／Ｔ类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高 （６９４２个，３８．４４％），其次是ＡＧ／ＣＴ类型为主的二核苷酸重复（６１１３个，３３．８５％）和以ＡＡＧ／ＣＴＴ为主的三核苷酸重 复（４２４２个，２３．４９％），四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的ｕｎｉｇｅｎｅ中共发现 ＳＮＰ位点１６３３６０个，发生频率为１／２５４ｂｐ，６种单核普酸变异中以Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ类型的Ａ／Ｇ和Ｃ／Ｔ发生频率最高，分别 为总数的３０．８０％和３０．４９％；其他４种Ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ类型的ＳＮＰ为Ｃ／Ｇ、Ｇ／Ｔ、Ａ／Ｃ和Ａ／Ｔ，分别占到总数的９．８３％、 ９７８％、９．７８％和９．３２％。其中Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ类型显著高于Ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ类型，在转换类型中Ａ／Ｇ和Ｃ／Ｔ发生频率基本 一致，但以Ａ／Ｇ发生频率略高。 　　关键词：枣；转录组；ＳＳＲ；ＳＮＰ；特征分析 　　中图分类号：Ｓ６６５．１０１　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１９）０４－００５１－０４ 　　枣（ＺｉｚｉｐｈｕｓｊｕｊｕｂａＭｉｌｌ．）具有重要的经济价值和生态价 于枣ＳＳＲ标记开发较晚，目前ＳＳＲ标记已被应用于枣指纹图 值，在我国栽培历史悠久，是许多省份和地区重要的经济林树 谱构建、亲缘关系、遗传多样性分析等研究领域［１０－１１］。ＳＮＰ 种，枣产业成为当地的支柱产业之一。我国枣种质资源丰富、 标记是指基因组ＤＮＡ序列中由于单个核普酸替换或较短片 品种繁多，近年来国内外学者利用简单重复序列间扩增 段的插入缺失所引起的多态性，以其分布广泛、稳定性强等优 ［１－２］ （ｉｎｔｅｒ－ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ，ＩＳＳＲ） 、扩增片段长度多态 点已被广泛应用于的遗传分析领域，ＳＮＰｓ标记在苹果、西瓜、 ［３］ ［１２－１３］ 性（ａｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＡＦＬＰ） 等分子标 柑橘、葡萄、柿等作物中得到了开发和利用 。目前，在枣 ［１４］ ［１５］ 记技术在枣的品种分类、鉴别以及遗传多样性方面开展了相 中开发了一些基因组 ＳＳＲ 和转录组 ＳＳＲ标记 ，分别在 关研究工作。 基因组和转录组水平上分析了枣微卫星的特点；而枣ＳＮＰ研 简单重复序列是由１～６个碱基组成的简单串联重复序 究处于标记发现阶段，研究报道较少。