丙型肝炎病毒基因分型讲义.pptVIP

丙型肝炎病毒基因分型研究进展基因变异与干扰素-α抗病毒治疗应答的关系 丙型肝炎病毒基因分型概况 HCV的基因型/亚型 HCV的基因型/亚型 1a, b, c, d, e, f, g, h, i, j, k, l, m 2a, b, c, d, e, f, g, h, i, k, l, m 3a, b, c, d, e, f, g, h, i, k 4a, c, d, e, f, g, h, k, l, m, n, o, p, q, r, s, t 5a 6a, b, d, f, g, h, i, j, k, l, m, n HCV基因分型方法 TRUGENE HCV 5’NC Kit 应选择HCV基因组中的哪个区进行分型?应选择何种分型方法? 流行病学调查（需确定亚型）： 扩增，测序： core/E1区(nt869-1292之间≥90％的序列,H77,AF009606) NS5B区(nt8276-8615之间≥ 90％的序列,H77,AF009606) 进化树分析： 多种替代模式计算的邻近连接法(neighbor-joining)和不加权配对组算法 (UPGMA)； 最大简约法(parsimony)； 最大可能性法(maximum likelihood)； 中任一种方法进行进化树分析以确定基因型。 临床工作 常只需将1型和4型与其它基因型相区别，以决定抗病毒治疗的疗程和利巴韦林的剂量，因此上述的任何一种方法均可以采用。 临床工作 目前常用的基因型检测方法（RFLP, Inno-LiPA, Trugene) 通常建立在5’非编码区，因为该区序列保守，检测灵敏度高，是HCV RNA诊断实验的常用区域。 在临床工作中，对5’UTR进行分型的RFLP, Inno-LiPA, Trugene分型都可以满足分型的需要，为制定治疗方案和判断预后提供指导。 同源性分析： 沈阳、吉林、延边三个地区的HCV基因型感染状态明显不同。 沈阳和吉林的HCV感染以1b和2a为主，沈阳则有3a和3b型的检出。 延边地区的HCV 1a型感染率仅次于1b型，与中国1b和2a为主的感染模式明显不同。 这种基因型分布的差异除与地区有关外，由于延边地区以朝鲜族为主，可能与民族有关。 1a DQ087250, DQ087249(5’UTR) AY443348(NS5B) 1b AY702948, AY702949, AY702950, AY702951, AY702952,AY702953.(5’UTR) 3b AY311400, AY311401,AY311402(5’UTR) AY443346 AY443347(NS5B) 6a AY862539, AY862540, AY862541, AY862542 (5’UTR) 丙型肝炎病毒基因重组 既往研究：丙肝变异株没有基因重组现象 Simmonds 等1993年对137名献血员利用血清学方法（NS4区多肽）及RFLP（5’NCR）对所感染的HCV进行分型，发现二者结果呈现很好的一致性。 对139份取自美国丙肝病人的标本用下述方法进行基因分型：型特异性引物（NS5）、血清学分型（NS4蛋白或多肽）、RFLP（5’NCR）及直接序列比较（部分NS5区），结果也呈现高度的一致性。 其他的研究也显示所分析的丙肝变异株没有基因重组现象。 丙肝变异株不发生基因重组:目前丙肝分型的理论基础。 Until 2002 圣彼得堡6例2k/1b的重组株重组位点均位于nt3175位(NS2区) 南美洲4例1a/1b的重组株重组位点均位于nt8321位 (NS5B区) 重组的分析和命名 　　HCV的分类系统中包含重组株是非常必要的。但是由于目前得到证实的HCV重组仅有RF01_1b/2k和RF02_1a/1b重组株，因此，专家认为现在确定正式的命名规则为时尚早。 　　亚型间的重组的命名需检测3个或3个以上的独立感染的一个病毒株的全基因序列。每个新的重组株应具有同样位置的重组位点。 　　按照发现的顺序命名，并将亚型带入以显示其组成。圣彼得堡的HCV重组株就命名为RF01_1b/2k。 对于所有的分型实验来说，不管是建立在5’UTR还是其它的区域，都是基于一个前提，就是所分析的一个基因区可代表整个基因组。 因此，在确立HCV分型检测方法时考虑到重组的存在是很有必要的。最近有较多两个编码区分型结果不一致的报道，推测可能为重组株。因此对两个编码区（core/E1，NS5B区）进行测序和进化树分析可能是基因分