混合并行计算在海洋水龄谱模拟中的应用研究-NSFC-OR.PDF

V01．13No．15 2013 第13卷第15期2013年5月科学技术与工程 May Science and 1671—1815(2013)15—4207—06 TechnologyEngineering @2013Sci．Tech．Engrg． 混合并行计算在海洋水龄谱模拟中 的应用研究 黄伟建1 周 伟1 李珍2 (河北工程大学信息与电气工程学院1，邯郸056038； 中国海洋大学海洋环境与生态教育部重点实验室2，青岛266100) 摘要在海洋水龄谱数值模拟过程中应用并行计算技术可以显著提高运算效率。将适用于分布式存储环境的消息传递接 口(Message PassingInterface，MPI)与适用于共享存储环境的开放式多处理(Open Muti— 相结合，提出了一种适用于海洋水龄谱数值模拟的混合并行计算模型。对比了其与传统的纯MPI方式在多核心(Chip processors)集群上的运算效率，并在此基础上研究了混合模型的系统资源利用情况以进一步了解其扩展能力。实验结果表 明，MPI+OpenMP混合并行水龄谱模型具有更高的运算效率，同时系统资源消耗明显低于纯MPI方式。 关键词 混合并行 水龄谱 消息传递接口 开放式多处理 多核系统 中图法分类号Tit302．1； 文献标志码A 对水龄谱…进行研究，可以使海洋环境学家理 OpenMP的沿海海洋环流模式¨1等。 解水龄变化对水体输运过程产生的潜在影响。空 将MPI和OpenMP两种并行计算技术相结合， 间某点的水龄一般定义为水体微团自进入控制体 以来到流经该点所需要的时间，在实际的数值研究 龄谱数值模型，在计算节点之问和计算节点内部两 中，多个具有不同水龄的质点会存在于同一个空问 个层次上分别采用MPI和OpenMP两种不同的并行 网格内，为了更好的了解水龄分布，就需要对水龄 计算技术，充分有效利用多核心集群计算机的计算 谱进行研究。 能力。为了了解混合模型的运算效率，同时实现了 由于水龄谱数值模拟研究的计算量巨大，传统 一种基于传统纯MPI并行计算的水龄谱数值模型， 的串行模型已经无法满足研究人员对效率的要求， 并在多核心集群计算机平台上对混合、纯MPI及串 特别是大规模的水龄谱数值模拟，过低的运算效率 行模型进行了对比测试。多核心处理器的应用使 甚至会影响到研究的正常进行。在水龄谱模拟过 得单个核心所能利用的内存数量减少，导致内存成 程中应用并行计算技术，可以提高模拟速度，从而 为了一种重要的系统资源，在分析运算效率的基础 提高研究效率，同时对并行计算技术在海洋数值模 上同时研究了系统内存资源利用情况，从而进一步 拟领域的应用和发展也具有重要作用。MPI【21和了解混合模型的可扩展能力。 OpenMP旧1是当前应用最为广泛的两种标准化并行 1 MPI和OpenMP混合编程原理 编程规范，在海洋数值模拟领域已有一些相关研究 o和基于 MPI和OpenMP分别是在分布式存储和共享存 和应用，如基于MPI的海洋算法研究M 储并行计算机体系结构上进行并行编程的标准。 分布式存储结构计