微生物学通报碱基编辑器的开发及其在细菌基因组编辑中的应用.PDF

微生物学通报 Feb. 20, 2019, 46(2): 319−331 Microbiology China DOI: 10.13344/j.microbiol.china.180879 tongbao@ /wswxtbcn 专论与综述 碱基编辑器的开发及其在细菌基因组编辑中的应用 1,2 3 2 2 *1 赵亚伟 姜卫红 邓子新 汪志军 芦银华 1 上海师范大学生命科学学院 上海 200232 2 上海交通大学生命科学技术学院 微生物代谢国家重点实验室 上海 200030 3 中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所 合成生物学重点实验室 上海 200032 摘 要：碱基编辑器是近两年发展起来的新型基因组编辑工具，它将碱基脱氨酶的催化活性和 CRISPR/Cas 系统的靶向特异性进行结合，催化DNA 或RNA 链上特定位点的碱基发生脱氨基反应， 进而完成碱基的替换。碱基编辑器分为DNA 和RNA 碱基编辑器两大类，其中DNA 碱基编辑器分为 两种：胞嘧啶碱基编辑器和腺嘌呤碱基编辑器；前者可以实现胞嘧啶到胸腺嘧啶的转换，而后者则可 以将腺嘌呤突变为鸟嘌呤。由于DNA 碱基编辑器不会造成DNA 的双链断裂(DSB) ，也不依赖于宿主 的非同源末端修复和同源重组途径，因此，大大减少了 DSB 相关的编辑副产物，如小片段插入或缺 失等。基于CRISPR/Cas 系统的RNA 碱基编辑器，可以实现RNA 链上腺嘌呤核苷到次黄苷的转换。 本文对不同类型碱基编辑器的开发过程、适用范围和编辑特点等进行梳理，并对其在细菌基因组编辑 中的应用进行了介绍；最后简要探讨了细菌中碱基编辑器的缺点以及将来可能的研究方向。 关键词：CRISPR/Cas 系统，DNA 碱基编辑器，RNA 碱基编辑器，细菌 Development and application of base editors in bacterial genome editing ZHAO Ya-Wei1,2 JIANG Wei-Hong3 DENG Zi-Xin2 WANG Zhi-Jun2 LU Yin-Hua*1 1 College of Life Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200232, China 2 State Key Laboratory of Microbial Metabolism, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200030, China 3 CAS Key Laboratory of Synthetic Biology, Centre for Excellence in Molecular Plant Sciences/Institute of Plant Physiology and Ecology, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China Abstract: Base editors are novel genome-editing tools developed in the past two years that comprise fusions between a catalytically disabled CRISPR/Cas endonuclease and a base deaminase to deaminate the exocyclic amine of the target bases, thereby leading to