甘蓝型油菜角果长度全基因组关联分析-中国农业科学.PDF

中国农业科学 2017,50(2):228-239 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.02.003 甘蓝型油菜角果长度全基因组关联分析 1 1 2 1 周庆红 ，周灿 ，郑伟 ，付东辉 1 2 （江西农业大学农学院/作物生理生态与遗传育种教育部重点实验室，南昌 330045 ； 江西省红壤研究所，江西进贤 331717 ） 摘要：【目的】挖掘与油菜角果长度性状显著相关的 SNP 位点及候选基因，为揭示油菜角果长度性状的遗传 基础和分子机制提供理论依据，为油菜产量分子标记辅助选择育种奠定基础。【方法】在江西农业大学试验地和江 西省红壤研究所试验地 2 个环境下考察 300 份甘蓝型油菜自交系的角果长度性状，利用简化基因组测序技术 （specific locus amplified fragment sequencing，SLAF-seq）对 300 份甘蓝型油菜自交系基因组 DNA 进行测 序并分析，利用获得的均匀分布于甘蓝型油菜基因组上的201 817个群体SNP（single nucleotide polymorphism， SNP）对角果长度性状进行全基因组关联分析（genome-wide association study，GWAS），探测与油菜角果长度显 著相关的SNP 位点，并基于群体连锁不平衡分析结果搜寻显著SNP位点两侧100 kb范围内的基因，通过BLAST 获 得关联区域内基因的注释信息，根据注释信息找出与性状相关的候选基因。【结果】农大试验地角果长度表型变异 幅度为46.35—107.07 mm；红壤所试验地角果长度表型变异幅度为39.41—101.35 mm，两性状在2个环境下均表 现出广泛表型变异。通过一般线性模型（general linear model，GLM）关联分析，农大环境下共检测到121个角 果长度显著关联的 SNP 位点，分布在 A04、A06、A08、A09、C02、C03、C06 和 C09 等 8 条染色体上，其中，A09 染色体上分布最多（83 个 SNP），红壤所环境下检测到 22 个角果长度显著关联的 SNP 位点，其中，1 个在 C09 染 色体上，其余21个均分布于A09染色体，在两地探测到20 个一致性SNP 位点；通过混合线性模型（mixed linear model，MLM）分析，农大环境下共检测到 5 个角果长度显著关联的 SNP 位点，其中，3 个 SNP 位点与红壤所环境 下检测到3个SNP 位点一致，所有位点均位于A09染色体上。对MLM关联分析得到的显著SNP位点两侧100 kb区 域内基因进行搜寻并进行功能注释，发现多个候选基因参与调节碳水化合物的运输与合成、花器官和种子的发育、 信号转导等, 它们可能通过上述功能影响油菜角果的生长，导致角果长度的差异。【结论】通过GLM和MLM两种分 析方法探测到多个与油菜角果长度性状显著关联的基因位点，并在显著性位点附近搜寻到相关候选基因。 关键词：甘蓝型油菜；全基因组关联分析；角果长度；SNP位点；候选基因 Genome Wide Association Analysis of Silique Length in Brassica napus L. 1 1 2 1 ZHOU QingHong , ZHOU Can , ZHENG Wei , FU DongHui (1 College of