基于IlluminaHiseqTM2000高通量转录组测序的里氏拟石磺的微卫星.docVIP

基金项目：国家自然科学基金（No，上海高校水产学一流学科建设项目资助。吴欣（1990-）男，河南人，硕士研究生，主要从事海洋贝类分子标记开发，E-mail:?wuxin2009001@163.com沈和定，通讯作者，（1964-）男，上海人，教授，博士，主要从事海洋生物学研究，E-mail:?hdshen@ 基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR标记开发 吴欣，沈和定*，王冬凤，刘宸，杨铁柱，刁亚 （上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室 201306） 摘要：使用Illumina HiseqTM 2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序，以所得的拼接序列为基础，利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找，对选出的51个微卫星位点进行引物设计，经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个，对湛江里氏拟石磺群体扩增结果表明，其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数在2-4之间，其中观测杂合度（HoO）和期望杂合度（HeE）分别在0.0313-0.7143和0.0313-0.7084之间，多态性信息含量（PIC）在0.0895- 0.6405之间，14个位点中的2个位点表现为高度多态性（PIC0.5），10个位点表现为中度多态性（0.5PIC0.25），