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Four Aspects Understanding of system structure Understanding behaviors of the system Understanding how to control the system Understanding how to design the system -- by Hiroaki Kitano 2002 自上而下 (Top-down，以Hood为代表) 自下而上 (Bottom-up，以Kitano为代表) 整合 (Integration) 扰动法 (Perturbation) 主要研究策略 整合－系统生物学的核心 系统内不同性质的构成要素（基因、mRNA、蛋白质、生物小分子等）的整合。 从基因到细胞、到组织、到个体的各个层次的整合。 研究思路和方法的整合。 需要生命科学、信息科学、数学、计算机科学等各种学科的共同参与，真正实现这种整合还有很长的路要走。 生命科学 信息科学 系统科学 系统生物学三大学科基础 生物学 物理学 化学 工程学 数学 计算科学 系统生物学的学科交叉特性 系统生物学，是把孤立的在基因水平、蛋白水平的各种相互作用、各种代谢途径、调控途径等融合起来，用以说明 生物整体，高通量的组学实验平台构成了系统生物学的大科学工程. 实验技术 （Wet Part） 信息技术 （Dry Part） 两大技术支撑 实验技术 基本技术 离心与层析 酶切与电泳 PCR技术 杂交和印迹技术 高通量技术 新DNA测序技术 克隆载体与DNA文库 DNA和蛋白质芯片 酵母双杂交 质谱技术 ChIP-chip和ChIP-PET技术 转基因生物、RNA干扰 各种显微示踪技术 等 / 计算技术 程序设计技术 程序设计语言 面向过程与面向对象的程序设计 常用的编程工具 数据库技术 数据管理方式的演变 关系型数据库与SQL语言 数据的集成与交换 网络技术 计算机网络概述 服务器-客户端结构 网络开发的LAMP体系 平行计算技术 并行计算与串行计算的比较 微机集群的架构与应用 并行计算的新趋势：基于多核CPU与GPGPU的程序设计 计算具有实验和理论双重属性： 相对于实验，它是理论； 相对于理论，它是实验。 数学的运用 一门科学只有当它充分利用数学之后，才能成为一门精确的科学 马克思 用到的数学知识： 线性代数 微分方程（常微分方程、偏微分方程、差分方程） 图与网络的理论 统计学理论 随机过程理论 系统生物学Systems Biology 定义 (Definition) 系统生物学从系统水平来理解生物学系统， 利用一系列的原理与方法学来研究分子行为与系统特性与功能的关系，通过计算生物学来 定量阐明和预测生物的功能、表型和行为。 Systems biology is a discipline to study the spatial-temporal interactions of components in different levels of biological systems, seeking to find the laws in the organization principles, dynamic behaviors and emergent properties of such biological systems. What is Systems Biology? Systems biology is an emergent field that aims at system-level understanding of biological systems. Hiroaki Kitano（北野宏明）Ph.D Project Director. Sony Computer Science Laboratories Science, 295, 1662-1664 (2002). To understand biology at the system l