黄嘴白鹭MHC Ⅱ类DAB基因多态性及其适应性进化研究-生态学专业论文.docxVIP

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厦门大学学位论文著作权使用声明本人同意厦f-JA学根据《中华人民共和国学位条例暂行实施办 厦门大学学位论文著作权使用声明 本人同意厦f-JA学根据《中华人民共和国学位条例暂行实施办 法》等规定保留和使用此学位论文,并向主管部门或其指定机构送交 学位论文(包括纸质版和电子版),允许学位论文进入厦门大学图书 馆及其数据库被查阅、借阅。本人同意厦门大学将学位论文加入全国 博士、硕士学位论文共建单位数据库进行检索,将学位论文的标题和 摘要汇编出版,采用影印、缩印或者其它方式合理复制学位论文。 本学位论文属于: ( )1.经厦门大学保密委员会审查核定的保密学位论文, 于 年 月 日解密,解密后适用上述授权。 / (∥)2.不保密,适用上述授权。 (请在以上相应括号内打“√”或填上相应内容。保密学位论文 应是已经厦门大学保密委员会审定过的学位论文,未经厦门大学保密 委员会审定的学位论文均为公开学位论文。此声明栏不填写的,默认 为公开学位论文,均适用上述授权。) 声明人。㈣:席灰 易f o年f月?~日 万方数据 目录摘jI墓 目录 摘jI墓 ..... ....... . .... . ....... . ..I Abstract ..... .. ....... ...... .IV 第l章绪论 。1 1.1研究背景 ..1 1.1.1 MHC简介 ..1 1.1.2 MHC基因多态性 ..3 1.1.2.1多态性产生机制 ..3 1.1.2.2多态性维持机制 ..4 1.1.3 MFIC基因多态性研究内容及应用 ..5 1.1.3.1抗病性关联分析 一6 1.1.3.2种群遗传结构研究 ..6 1.1.4 MHC基因多态性检测方法 ..7 1.1.4.1常用方法概述 ..7 1.1.4.2不对称PCR—SSCP原理 ..9 1.1.4.3不对称PCR.SSCP应用 10 1.1.5黄嘴白鹭物种简介 ..11 1.1.6黄嘴白鹭保护现状 ..12 1.1.7黄嘴白鹭研究进展 ..13 1.1.7.1宏观生态方面研究进展 13 1.1.7.2微观遗传学方面研究进展 13 1.2本研究目的及意义 .1 7 1.2.1本研究目的 ..17 1.2.2本研究意义 ..1 8 第2章实验材料与方法 l 9 2.1实验材料采集 。19 2.1.1采集地点 ..19 2.1.2采集方法 ..21 万方数据 2.2实验主要仪矗 2.2实验主要仪矗 。22 2.3实验主要试剂 ..24 2.4实验试剂配制 .25 2.4.1镜检试剂配制 ..25 2.4.2核酸提取试剂配制 ..25 2.4.3凝胶电泳试剂配制 ..26 2.5黄嘴白鹭粪便虫卵计数 27 2.6基因组DNA提取 27 2.7总RNA提取 28 2.8样本核酸浓度测定 29 2.9 cDNA第一链合成 .29 2.10黄嘴白鹭物种鉴定 。30 2.1l黄嘴白鹭性别鉴定 32 2.12基因裹达分析 32 2.12.1半定量PCR分析 ..33 2.12.2实时荧光定量PCR分析 ..34 2.13基因多态性检测 。34 2.13.1半巢式不对称PCR法获取ssDNA .34 2.13.2非变性PAGE 36 2.13.3胶回收及测序 37 2.13.4特异ssDNA Marker制备 .38 2.14数据分析 。39 2.14.1黄嘴白鹭寄生虫感染量分析 39 2.14.2 MHC II类DAB基因序列比对分析 40 2.14.3 DAB基因序列多态性及变异分析 40 2.14.4系统进化关系分析 41 2.14.5种群遗传结构分析 42 第3章结果与讨论 .43 3.1半巢式不对称PCR-SSCP基因分型方法的建立 43 万方数据 3.1.1不对称PCR反应体系及反应条件的优化 3.1.1不对称PCR反应体系及反应条件的优化 43 3.1.2 PAGE条件的优化 45 3.1.3黄嘴白鹭Egeu—DABl_4基因多态性检测 ..46 3.1.4讨论 47 3.2黄嘴白鹭非经典MI-IC II类DAB基因的鉴定及特性分析 。48 3.2.1黄嘴白鹭非经典MHC II类DAB基因的鉴定 48 3.2.1.1 Egeu—DAB4基因组织表达模式 48 3.2.1.2 Egeu.DAB4基因多态性及序列结构差异 50 3.2.2黄嘴白鹭非经典MHC II类DAB基因的特性 53 3.2.2.1 Egeu—DAB4基因个体特异性 53 3.2.2.2 Egeu.DAB4基因系统进化分析 57 3.2.3讨论 ..59 3.3黄嘴白鹭MI-IC II类DAB基因多态性与寄生虫病抗性关联分析 .61 3.3.1黄嘴白鹭粪便寄生虫感染量 ..61 3.3.2黄嘴白鹭DAB基因序列变异分析 62 3.3.

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