[南京农业大学][生物信息课件]10上机2.pptVIP

共产党员在政府工作中，应该是十分廉洁、不用私人、多做工作、少取报酬的模范。共产党员在民众运动中，应该是民众的朋友，而不是民众的上司，是诲人不倦的教师 生物信息学 Bioinformatics bioinformation2009@163.com 密码: bioinformation 进入以上公用邮箱下载幻灯片“2009-11-22上机” 到电脑桌面 第三章 生物信息学数据库资源 UniGene is an experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters. Each UniGene cluster contains sequences that represent a unique gene, as well as related information such as the tissue types in which the gene has been expressed and map location. UniGene 是非冗余的某个基因的集合,包含了该基因所有的经过实验证明的转录本及其表达信息. 练习: 查找Huang从1999年以后发表在cell 或nature或Science上关于human的所有文章. （写出检索内容并列出篇数） 列出南京农业大学Huang J发布的所有水稻zinc finger数目; 3. 查找水稻ZFP182基因的Unigene信息(包括Unigene号, mRNA和EST数目,表达信息) 4. 查找水稻ZFP182基因的序列, 说明序列的大小, 组织来源, 已有的参考文献. 第四章 序列分析 第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析 Question1: 1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据库？ Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblastx, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt 第2节 Blast的应用 主要的blast程序 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 具体步骤 1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 rice 序列组成/分子量/等电点---初级分析 酶切位点分析(载体构建) 亚细胞定位 功能域(domain)预测 第3节 序列功能分析的内容 序列组成分析 序列组成分析 序列组成分析 A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？） 蛋白分子量和等电点 * * 共产党员在政府工作中，应该是十分廉洁、不用私人、多做工作、少取报酬的模范。共产党员在民众运动中，应该是民众的朋友，而不是民众的上司，是诲人不倦的教师