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分子模拟基础;Molecular Modelling 分子模拟;框 架;材料科学 药物研发; ;化学-生物学数据库;10;Nodes and Machines;Gaussian03/GaussView;References ;The Theoretical Background 理论背景;;a) 计算分子体系的能量、与能量有关的物理、化学性质。 b) 进行几何构型优化。在初始几何构型的附近寻找具有最低能量(local minimum)的平衡几何构型。依据是能量梯度（即能量对原子位置坐标的一阶导数）最小化得到的。 c) 计算分子振动频率。依据是能量对原子位置坐标的二阶导数矩阵。;Advantages 优点 方法很便宜。可用于大分子体系，如蛋白质，酶等生物体系的模拟计算。;a) Semi-empirical 半经验方法 HMO、AM1、MNDO、PM3、INDO/S等方法;Functions in Gaussian03;1.2 Computational Models  Model Chemistries;包括: 理论方法、电子的自旋状态、基组 （分子自旋多重度） ;1.2.2 Open shell vs. Closed shell 开壳层 vs.