中科院兰州化物所苏州研究院高性能计算平台简明使用手册.PDF

中科院兰州化物所苏州研究院高性能计算平台 简明使用手册 2018-12-4 1. 机时计算 机时的计算以使用的计算机时和节点为基本单元。比如，使用单节点共8 核运行1 小时 的程序，机时为1*n （n 为服务器的CPU 核心数）。比如用户使用一台总核心数为16 的计算 节点运行 1 小时，实际计算时只使用了其中的8 核，所使用的计算机时为 1*16*1=16 （核* 小时），而非1*8*1=8 （核*小时）。因此用户需要合理利用自己的资源。 2. 登录 用户必须使用ssh 客户端软件（如Xmanager ）登录系统。 例：用 Xmanager 中的Xshell 登录 打开XShell ，点击工具栏的“新建”选项。在“连接”的“常规”里，“协议”选择SSH， 然后在“主机”处填写系统IP ：33。 1 在“用户身份验证”这里，“方法”选择 Password ，随后输入用户名及密码，点击“确定” 即可登录。 注意：在研究院内，可凭系统IP 及申请的用户信息登录服务器。在研究院外，需借助 TeamViewer 等远程桌面访问程序首先登录自己在研究院的电脑，再登录服务器。 3. 数据传输 可使用Xmanager 自带的Xftp 进行数据传输。 在有大量文件需要下载时，建议使用tar 命令进行打包，以加快下载速度，减少出错几 率。该命令为：tar -cvf file.tar file，其中file 为需要打包压缩的文件或目录，file.tar 为打包 后的文件。 4. 作业提交 本平台所有作业的计算采用脚本进行提交。 2 qsub 命令：用于提交作业 命令格式： qsub job .sh 其中job .sh 为提交作业的脚本文件。以提交高斯作业的脚本文件为例 （#表示注释）： #PBS -N test #用于指定提交作业名称，此例为test ，可任意命名 #PBS -o job.log # o 表示标准输出文件的路径，默认放在用户提交作业的目录下 #PBS -e err.log # e 表示标准输出文件的路径，默认放在用户提交作业的目录下 #PBS -l nodes=node1:ppn=16 # node1 为使用的节点名称，16 为使用的cpu 核心数 #PBS -l mem=8gb #PBS -l walltime=1440:00:00 #walltime 为最大运算时间，1440:00:00 表示1440 小时 0 分 0 秒，超时系统会自动中断作业 #PBS -j oe #表示合并标准输出和标准错误输出至同一个文件 cd $PBS_O_WORKDIR #表示进入工作目录 g 16 # 为高斯输入文件名称 5. 作业查看 qstat 命令：用于查询作业状态信息 命令格式： qstat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u] 参数说明： -a 列出系统所有作业 -n 列出分配给此作业的节点 -r 列出所有正在运行的作业 -f jobid 列出指定作业的信息 其他参数可自行到网上搜索。 6. 作业删除 3 qdel 命令：用于删除已提交的作业 命令格式： qdel 作业号 7. 注意事项 （1）服务器包含管理节点和计算节点，请务必在管理节点提交作业，计算节点仅用于 运行计算任务。 （2 ）请及时备份计算结果，并清理临时数据文件，以保障数据安全，提高集群系统性 能。