分子动力学方法-固体微结构试验室.PDF

第四章 分子动力学方法 §4.1 分子动力学方法 第四章 分子动力学方法 分子动力学（Molecular Dynamics ，简称MD ）是模拟大量粒子集合体系（固 体、气体、液体）中单个粒子的运动的一种手法，其关键的概念是运动，即要计 算粒子的位置、速度和取向随时间的演化。分子动力学中的质点可以是原子、分 子、或更大的粒子集合，只有在研究分子束实验等情况下，粒子才是真正的分子。 与“分子动力学”相类似的名词还有“晶格动力学”（研究固体中原子的振动）和 “分子力学”（分子结构的量子力学），而分子动力学限于模拟经典粒子的运动。 分子动力学简单来说就是用数值方法求解经典力学中的 体问题。自 N Newton 时代起， 体问题就被认为是很重要的物理问题，解析求解或质点轨道 N 的混沌分析是数理力学中的关注点。但时至今日，该问题重要性的原因已经进化 成，将单粒子动力学与系统的集体状态相联系，人们试图通过考察单个粒子的运 动来解释大量粒子集合系统的行为。例如，绕过一物体的流体是怎样产生湍流尾 迹的？蛋白质分子中的原子是怎样相互运动从而折叠成生命支撑形态的？流体 气旋怎样产生如木星上的大红斑那样的长寿旋涡的？溶液中的长链分子怎样自 组装成一些特殊结构？等等。因此，分子动力学在凝聚态物理、材料科学、高分 子化学和分子生物学等许多研究领域都有广泛的应用。 §4.1 分子动力学方法 4.1.1 基本概念 分子动力学 分子动力学现已成为分子尺度上模拟的典型方法之一。它起源于上世纪50 年代，在70年代中开始受到广泛关注。分子动力学源于自Newton 时代以来的古 老概念，即只要知道了系统组分的初始条件和相互作用力，整个系统的行为就可 以计算出来并可以预测。该自然的决定性力学解释长期左右了科学界。Laplace 于1814年曾写到：“Given for one instant an intelligence which could comprehend all the forces by which nature is animated and the respective situation of beings who compose it-an intelligence sufficiently vast to submit these data to analysis-it would embrace in the same formula the movements of the greatest bodies of the universe and those of the lightest atoms; for it, nothing would be uncertain and the future, as the past, would be present to its eyes ”（现在的分子动力学模拟中，Laplace 的 “intelligence”由计算机实现，“respective situation”即为给定的一组初始条件， “same formula”为算法程序）。但是，对于决定性力学体系，仍然不是一切都可 以预测的，这主要是由于体系中物体间的非线性相互作用造成的。最近的非线性 动力学已经将决定性与可预测性概念分开：决定性就是体系有因果联系于输入条 件的输出情形；可计算性就是在决定性体系中，有算法使得我们一旦知道输入条 4 －1 第四章 分子动力学方法 §4.1 分子动力学方法 件就可以计算输出结果；可预测性就是在可计算性体系中，确实有数值算法来实 际求得结果。可计算体系可以是不可预测的，因为需要太多的输入，或者算法的 稳定性对中间过程相当敏感。 经典分子动力学方法简单地说来就是求解多原子相互作用体系的Newton方 程，在很小的时间步长下，对运动方程进行数值积分，就可以得到体系随时间的 演化过程。尽管分子动力学方法利用的是Ne