分子模拟-中正大学.PDF

自編補充教材 分子模擬 鄭惟中、于淑君 國立中正大學化學暨生物化學系 2017.04.19修訂 一、目的： 運用分子模擬軟體 Spartan 16繪製普通化 學實驗以及日常 生活中常見的化合 物，藉以瞭解化合物的分子結構及其 組成原子在分子內之立體空間配置與相對能 量之關係 ，並探討其基本性質及應用。 二、實驗技能： 學習操作分子模擬繪圖軟體 ，培養資料搜尋能力 以及建立化學基礎知識架構 。 三、原理： （一）有機化合物： 有機化合物是指含碳化合物或碳氫化合物之衍生物。由於碳具有四個價電 子，可以sp3 、sp2 、sp 各種混成軌域 與其他原子形成單鍵、雙鍵、環狀等各種類 型化合物。有機化合物常具有異構物（isomers ），即分子式相同結構式不同的物 質；大分為結構異構物（ structural isomers ）與立體異構物（stereoisomers ）二類。 （二）結構異構物： 結構異構物是指分子式相同但原子連接方式不同的物質。例如圖一的 鄰- 、 間 -及對二甲苯 ，三者之分子式均相同，但原子連接方式不同、性質各異。 鄰二甲苯 間二甲苯 對二甲苯 圖一、二甲苯之結構異構物 （三）立體異構物： 另有一類同分異構物 ，各原子間連接方式相同，但是原子的空間排列不同， 稱為立體異構物，立體異構物又可分為構形異構物 (conformational isomers) 、順 反異構物 (cis-trans isomer) 及光學異構物 (optical isomers) 。 1. 順反異構物 ： 碳氫化合物具有不飽和雙鍵者，由於雙鍵不能旋轉，雙鍵所連接的二個 碳原子上具有不同的取代基團時，會有順反異構物出現，又稱幾何異構物 （geometric isomers ），是屬於立體異構物之一種。例如圖二的 2-丁烯 (2-butene) ，順式2-丁烯分子具有極性，沸點較反式高。 順-2-丁烯(cis-2-butene) 反-2-丁烯(trans-2-butene) 熔點 -139 oC ；沸點3.7 oC 熔點 -106 oC ；沸點0.3 oC 圖二、 2-丁烯之順反異構物 2. 構形異構物 ： 碳氫化合物經由碳原子的連結成為環形者，稱為環烴（ cyclic hydrocarbons ）。若有二或多個取代基在環上，取代基位於環的同側或異側 時，也會有順反異構物存在 。此外，有機分子由於單鍵可旋轉會造成三度空 間相對位置之變化。以環己烷為例，因單鍵旋轉，具有最為人熟知的船型 （boat form ）及椅型（chair form ）二種構形（conformations ），如圖三所示。 椅型分子較船型的能量低，室溫時，約 99.99% 之環己烷是以椅型存在。 船型 椅型 圖 三、環己烷之構形異構物 （四）鏡像異構物： 甲烷之碳原子所連接的四個氫原子，若替換為四種不同之取代基，則此分子 和它的鏡像（mirror image ）無法完全重疊（ nonsuperimposed ），此二物質稱為鏡 像異構物（enantiomers ）；具鏡像異構物之物質，又稱為手性分子（chiral molecule ），宛如你的右手是左手的鏡像，二者無法完全重疊。此具有四個不同 * 取代基之碳原子稱為手性碳（chiral carbon ，常以C 標示之）。鏡像異構物具有 相似的物理與